r - 合并大量逻辑向量

Question

我有一个很大的 TRUE/FALSE 逻辑向量列表(144 个列表元素，每个元素长约 2300 万)。我想使用 any 合并它们以生成一个逻辑向量。如果每个列表元素的第一个元素中的任何一个为 TRUE，则返回 TRUE，依此类推向量的长度。这是一个例子:

#  Some data
set.seed(1)
ll <- replicate(3,sample(c(TRUE,FALSE),5,TRUE),simplify=F)

#[[1]]
#[1]  TRUE  TRUE FALSE FALSE  TRUE

#[[2]]
#[1] FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE

#[[3]]
#[1]  TRUE  TRUE FALSE  TRUE FALSE

#  What I want (and one way of doing it)...
apply( do.call(cbind,ll) , 1 , any )
#  [1]  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE

---

等等，您已经在该代码中发布了解决方案，为什么还要问这个问题？

我的真实数据中有 144 个向量，每个向量的长度为 23,721,703。尝试上述操作会引发错误，例如:

# *** caught segfault ***
#address 0x18, cause 'memory not mapped'

OR

#Error in aperm.default(X, c(s.call, s.ans)) : 
#  long vectors not supported yet: memory.c:1648

我在具有 112Gb RAM 的 Ubuntu 64 位上运行 R 3.0.2。

Answer 1

你可以使用Reduce

  Reduce('|', ll)

基准

set.seed(1)
ll <- replicate(144, sample(c(TRUE, FALSE), 1e5,
       replace=TRUE), simplify=FALSE)
system.time(apply(do.call(cbind, ll), 1, any))
# user  system elapsed 
# 0.575   0.022   0.598 

system.time(Reduce(`|`, ll))
# user  system elapsed 
# 0.287   0.008   0.295