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我正在使用snakemake v. 5.7.0。当在本地启动或通过 snakemake --drmaa
提交给 SLURM 时,管道可以正确运行: 作业被提交,一切都按预期进行。但是,在后一种情况下,当前目录中会产生许多 slurm 日志文件。
Snakemake 用 --drmaa-log-dir
调用option 创建选项中指定的目录,但无法执行规则。不生成日志文件。
这是一个最小的例子。首先,使用的 Snakefile:
rule all:
shell: "sleep 20 & echo SUCCESS!"
snakemake --drmaa
的输出
Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job counts:
count jobs
1 all
1
[Fri Apr 10 21:03:50 2020]
rule all:
jobid: 0
Submitted DRMAA job 0 with external jobid 13321.
[Fri Apr 10 21:04:00 2020]
Finished job 0.
1 of 1 steps (100%) done
Complete log: /XXXXX/snakemake_test/.snakemake/log/2020-04-10T210349.984931.snakemake.log
snakemake --drmaa --drmaa-log-dir foobar
的输出
Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job counts:
count jobs
1 all
1
[Fri Apr 10 21:06:19 2020]
rule all:
jobid: 0
Submitted DRMAA job 0 with external jobid 13322.
[Fri Apr 10 21:06:29 2020]
Error in rule all:
jobid: 0
shell:
sleep 20 & echo SUCCESS!
(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)
Error executing rule all on cluster (jobid: 0, external: 13322, jobscript: /XXXXXX/snakemake_test/.snakemake/tmp.9l7fqvgg/snakejob.all.0.sh). For error details see the cluster log and the log files of the involved rule(s).
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Complete log: /XXXXX/snakemake_test/.snakemake/log/2020-04-10T210619.598354.snakemake.log
最佳答案
使用问题 --drmaa-log-dir
在 slurm 是 reported before ,但不幸的是,到目前为止还没有已知的解决方案。
关于如果指定了 --drmaa-log-dir,snakemake 作业将失败,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/61147109/
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