r - 使用 reticulate::use_virtualenv 加载包失败

Question

我一直在尝试通过 R reticulate 运行一些 python 代码，但没有成功。我尝试创建一个虚拟环境并在其中安装两个包:numpy 和一个名为 scrublet 的 GitHub 包。

library(reticulate)
if(!"r-scrublet" %in% virtualenv_list()) {
  virtualenv_create("r-scrublet")
  virtualenv_install("r-scrublet", c("numpy","git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git"))
}
use_virtualenv(virtualenv = "r-scrublet", required = T)

然后我想激活环境并在其上运行代码。当我跑 py_discover_config()我得到输出:

python:         C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Scripts/python.exe
libpython:      C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Scripts/python36.dll
pythonhome:     C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet
version:        3.6.4 (v3.6.4:d48eceb, Dec 19 2017, 06:54:40) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:          C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Lib/site-packages/numpy
numpy_version:  1.19.1

NOTE: Python version was forced by use_python function

这似乎是我想要的。问题是我似乎无法实际使用这个环境。如果我测试天气 numpy 可用( py_numpy_available() )，我不会，当我尝试任何时 import声明(无论是对一个已安装的软件包，还是像 os 之类的东西)R 崩溃:

R Session Aborted. R encountered a fatal error. The session was terminated

我尝试了不同的网状手册( here 和 here )和不同的 git 问题或 SO 问题，但仍然无法弄清楚。

Answer 1

从您提供的安装路径来看，您似乎使用的是 Windows。
如果您引用 virtualenv doc :

Virtual environment functions are not supported on Windows (the use of conda environments is recommended on Windows).

尝试:

library(reticulate)
conda_create("r-scrublet")
conda_install(envname="r-scrublet", packages ="numpy","pip","git")

conda_python(envname =  "r-scrublet")

可以通过从 r-scrublet 运行来添加scrublet.git。环境根文件夹:

Scripts\pip install git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git

或直接来自 R:

conda_install(envname='r-scrublet','git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git',pip=T)

只要您应用此 patch .为了避免补丁，您可能可以添加 \r-scrublets\Library\bin到系统路径。

为了片段的完整性，一旦设置准备就绪，请指定它的使用方式:

use_miniconda("r-scrublet", required=T)
scrub <- import("scrublet")