r - 在 Ubuntu 上安装软件包需要很长时间

Question

我使用 Windows 作为操作系统和 RStudio for windows，今天切换到 Ubuntu 并再次安装 R 和 RStudio。当我尝试使用 tidyverse 从 CRAN 安装一些软件包(仅 install.packages() !)时，我在控制台上看到了一些我在 Windows 上从未见过的东西，它看起来像这样；

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
gcc -std=gnu99 9.3.0
zlib 1.2.11 is available ok
OpenMP supported
** libs
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-5iUtQS/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c assign.c -o assign.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-5iUtQS/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c between.c -o between.o

...
然后它继续这样，安装过程比我在 Windows 上遇到的时间要长得多。 ( tidyverse 包含大约 7 个包，耗时 30 分钟)
这正常吗？如果不是，我该如何解决？

Answer 1

有助于解决问题的评论摘要。

一般来说，linux中默认的安装方式是 type="source" ，这意味着任何非R源代码的包(例如C++、Fortran)都需要编译。此外，CRAN 及其所有存储库镜像仅提供二进制包 windows 和 macos。
似乎有两种方法可以在 linux 上安装二进制包，副默认值:

@duckmayr 建议阅读 https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html(其他 linux 发行版存在类似的页面)确定了如何设置 CRAN2deb4ubuntu PPA，以便可以对操作系统级软件管理 apt(和相关工具)。这些 ubuntu/debian 软件包维护良好且合理地保持最新状态，尽管更新频率不如直接更新到 CRAN 服务器。
但是，您可以简单地为二进制安装运行它，而不是长时间运行的 R 命令 install.packages("tidyverse") ，效果相同:

$ sudo apt-get install r-cran-tidyverse

不幸的是，PPA 并不包括提供给 CRAN 的每一个贡献包(因为这需要 PPA 维护者付出巨大的努力，试图跟上 CRAN 每天对新包和包更新的冲击......单独测试听起来禁止)。 (建议的数量是 PPA 中的 4000 多个包，在 CRAN 的 16,278 个包中(截至 30 秒前)。

最近添加到存储库场景的是 RStudio 的 Public Package Manager 。在最近的一篇博客文章中，RStudio 宣布它具有(至少)三个基本功能:

通过 install.packages 访问 Linux 上的预编译包 ...

启用可重复工作的 CRAN 历史检查点 ...

扩展了对旧版本 R 的 Windows 支持...

(这只是博客文章的一小部分，我建议您阅读原文以获取更多详细信息和上下文。)
快速搜索(Ubuntu 20.04 Focal 的包)显示:15,217 个二进制包和 16,216 个源包。
借用 RStudio 的 "Setup" 页面，对于 Ubuntu 20.04 Focal，您可以将其设置为您的存储库

options(repos = c(PkgMgr="https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/focal/latest"))

(我将其命名为“PkgMgr”，这是任意的。您可能想要/需要更多的存储库，请参阅 ?options 和 ?setRepository 。这只是一个示例，为方便起见；请参阅 RStudio 的文档以了解如何设置 R供您安装。)