r - 图中每个点的高度值

Question

我在一个名为:s1m 的数据框中有一个蛋白质-蛋白质相互作用的数据。每个 DB 和 AD 对进行交互，我也可以绘制它:

> head(s1m)
     DB_num AD_num
[1,]      2   8153
[2,]      7   3553
[3,]      8   4812
[4,]     13   7838
[5,]     24   3315
[6,]     24   6012

数据图如下所示:


然后我使用我在这个网站上找到的代码来绘制填充的等高线:

## compute 2D kernel density, see MASS book, pp. 130-131
require(MASS)
z <- kde2d(s1m[,1], s1m[,2], n=50)
plot(s1m, xlab="X label", ylab="Y label", pch=19, cex=.4)
filled.contour(z, drawlabels=FALSE, add=TRUE)

它给了我结果图像(减去涂鸦):


我的问题:我需要注释原始 s1m 中的每一行数据数据框的数字与其在等高线图上的高度相对应(因此我在上图中涂鸦)。我认为列表 z 具有我正在寻找的值，但我不确定。

最后，我希望我的数据看起来像这样，以便我可以分组研究蛋白质相互作用:

         DB_num AD_num   height
    [1,]      2   8153        1
    [2,]      7   3553        1
    [3,]      8   4812        3
    [4,]     13   7838        6
    [5,]     24   3315        2
    [6,]     24   6012        etc.

Answer 1

如果您想要实际高度而不是每个分配的垃圾箱，这是一种选择

## dummy data
DF <- data.frame(DB_num = rnorm(10000), AD_num = rnorm(10000))

require("MASS")

kde <- kde2d(DF[,1], DF[,2], n = 50)

请注意 kde2d作为组件返回 z这是一个(在本例中)50 行和列的矩阵，其中行对应于 x数据和列到 y数据。由于矩阵只是一个向量，并且数据由列填充，我们可以利用这一点并堆叠 x和 y值 n每次( n = 50 此处)，然后放松 kde$z

dd <- dim(kde$z)
res <- data.frame(DB_num = rep(kde$x, times = dd[1]),
                  AD_num = rep(kde$y, times = dd[2]),
                  height = as.numeric(kde$z))

这产生

> head(res)
        DB_num      AD_num                                  height
1 -3.582508378 -3.79074271 0.0000000000000000000000000006907447484
2 -3.429230262 -3.63682706 0.0000000000000000000000002951259863229
3 -3.275952146 -3.48291141 0.0000000000000000000000558203373144190
4 -3.122674029 -3.32899576 0.0000000000000000000055565720524140235
5 -2.969395913 -3.17508011 0.0000000000000000014967010810961022503
6 -2.816117797 -3.02116446 0.0000000000000008159370528768207499471

要获得垃圾箱，您需要遵循 filled.contour做了，这是通过形成中断

nlevels <- 20 ## default
brks <- pretty(range(res$height), nlevels)

> brks
 [1] 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07 0.08 0.09 0.10 0.11 0.12 0.13 0.14
[16] 0.15 0.16

然后使用 cut分配每个 height到基于 brks 的垃圾箱， 就像是

res <- transform(res, bin = as.numeric(cut(height, brks)))

这使

> head(res)
        DB_num      AD_num                                  height bin
1 -3.582508378 -3.79074271 0.0000000000000000000000000006907447484   1
2 -3.429230262 -3.63682706 0.0000000000000000000000002951259863229   1
3 -3.275952146 -3.48291141 0.0000000000000000000000558203373144190   1
4 -3.122674029 -3.32899576 0.0000000000000000000055565720524140235   1
5 -2.969395913 -3.17508011 0.0000000000000000014967010810961022503   1
6 -2.816117797 -3.02116446 0.0000000000000008159370528768207499471   1

您可能想查看 ?cut 的详细信息确定垃圾箱边界上的行为，但这应该让你足够接近。