python-2.7 - 木星|内核似乎已经死了。它将自动重启 |

Question

我已经运行一个特定的 python 脚本有一段时间了。在此之前的几个月里，所有脚本都运行良好(包括在 Jupyter 中)。现在，不知何故，我系统中的 jupyter 开始在代码的一个特定行(下面提到的代码的最后一行)显示以下错误消息。代码的所有部分都运行良好，除了代码的最后一行(我调用用户定义的函数来进行配对计数)。用户定义的函数 (correlation.polepy) 可以从 https://github.com/OMGitsHongyu/N-body-analysis 找到

这是我收到的错误消息:

 Kernel Restarting
 The kernel appears to have died. It will restart automatically.

而且，这是我的 Python 代码的骨架:

from __future__ import division
import numpy as np
import correlation
from scipy.spatial import cKDTree

File1 = np.loadtxt('/Users/Sidd/Research/fname1.txt')
File2 = np.loadtxt('/Users/Sidd/Research/fname2.txt')

masscut = 1.1*np.power(10,13)
mark1 = (np.where(File1[:,0]>masscut))[0]
mark2 = (np.where(File2[:,0]>masscut))[0]

Data1 = File1[mark1,1:8]
Data2 = File2[mark2,1:8]

Xi_masscut = correlation.polepy(p1=Data1, p2=Data2, rlim=150, nbins=150, nhocells=100, blen=1024, dis_f=100)

当我尝试使用 IPython 时，会发生类似的问题(代码的最后一行)。当我尝试使用 Python(在终端中实现)时，我收到一条错误消息(在最后一行)，内容为“ Segmentation fault: 11 ”。我正在使用 Python 2.7.13::Anaconda 2.5.0 (x86_64) .

我已经尝试了以下方法来寻找解决方案:

1.> 我检查了以前在 stackoverflow 上提出过这个问题的一些链接: The kernel appears to have died. It will restart automatically

我尝试了上面链接中给出的解决方案；可悲的是，它似乎不适用于我的情况。这是上面给出的链接中提到的解决方案:

conda update mkl

2.> 为了检查系统是否内存不足，我关闭了所有占用大量内存的应用程序。我的系统有 16 GB 的物理内存，即使有超过 9 GB 的空闲内存，也会发生这个问题(同样，这个问题以前没有发生过，即使我在其他任务中使用了 14 GB 并且只有不到 2 GB内存。令人惊讶的是，我之前可以使用给定的输入运行任务，而现在我无法使用相同的精确输入复制计算。)

3.> 我看到另一个链接:
https://alpine.atlassian.net/wiki/plugins/servlet/mobile?contentId=134545485#content/view/134545485

这个似乎解决了类似的问题，它说没有 docker 容器的足够内存 .我对如何实现那里提到的建议有疑问。

总而言之，我不确定这个问题最初是如何产生的。我该如何解决这个问题？任何帮助都感激不尽。

Answer 1

当我在 numpy 之前导入 sklearn PCA 时会发生此问题(不确定逆序是否会解决问题)

但后来我通过重新安装 numpy 和 mkl 解决了这个问题:conda install numpy和conda install -c intel mkl