sqlite - SGE + sqlite3:错误:数据库已锁定

Question

我正在尝试运行在群集（SGE）中使用sqlite3的脚本。

该脚本使用lockfile创建一个锁，填充数据库并释放该锁。

  $cat test.sh

  #!/bin/sh
  lockfile /commun/data/_tmp.idp448.lock
  sqlite3 /commun/data/stats.sqlite "create table if not exists timeBeginDB(target text UNIQUE NOT NULL,inserted int);"
  rm -f /commun/data/_tmp.idp448.lock
  whoami

/ commun / data /在所有节点上都是可见的。 /commun/data/_tmp.idp448.lock是我创建的一个随机名称，目前是使用我们新集群的唯一名称。

没有qsub脚本可以正常工作：

  [lindenb]$ sh test.sh
  lindenb #prints whoami, no error on stderr

调用qsub时：

  $ qsub -cwd -S /bin/sh test.sh
  Your job 673 ("test.sh") has been submitted

  $ cat test.sh.o673
  lindenb #prints 'whoami', so the lock have been created and deleted


  $ cat test.sh.e673
  Error: database is locked

这是一个sqlite3错误。

您是否有任何想法，建议在SGE方面，是什么原因导致了这种行为差异？

谢谢
皮埃尔

更新：

我已经以root用户身份登录到群集的节点上。以下简单命令失败：
（/commun/data/stats2.sqlite不存在）

ssh root@node02
root@node02's password:
sqlite3 /commun/data/stats2.sqlite 'create table if not exists timeBeginDB(target text UNIQUE NOT NULL,inserted int);'
Error: database is locked

它在〜root下工作：

[root@node02 ~]# sqlite3 stats2.sqlite 'create table if not exists timeBeginDB(target text UNIQUE NOT NULL,inserted int);'
[root@node02 ~]# 

Answer 1

根据我在SGE上进行的测试，看来lockfile在整个群集上不起作用。但是，似乎起作用的是在bash-hackers中描述的简单的mkdir锁。

#!/bin/sh
DIR=/commun/data/
LOCK=$DIR/_tmp.idp448.lock
until mkdir $LOCK ; do
    sleep 4
done
(date ; hostname) >> $DIR/sge-test
rmdir $LOCK
whoami

使用 lockfile，在sge-test文件中报告的日期彼此非常接近。