r - viterbi RHmm 错误保护堆栈溢出

Question

我在 R 中寻找 HMM 实现来分析字符串中的状态，而 HMM 库似乎运行缓慢，然后我使用了 RHmm 库。

我的数据是一串 1953138 个符号(U、D、N)

这是我的数据示例:

string <- sample(c("D","U","N"),1953138,replace=T)

拟合 HMM

HMM <- HMMFit(string,dis="DISCRETE",nStates=3)$HMM

运行 viterbi，这是我收到错误的地方

viterbi_results <- viterbi(HMM,string)
#Error: protect(): protection stack overflow

但是，如果我只使用字符串 viterbi() 的一个子集就可以了:

viterbi_results <- viterbi(HMM,string[1:49963])

实际上，如果我尝试运行:

viterbi_results <- viterbi(HMM,string[1:49964])
#Error: protect(): protection stack overflow

我得到相同的堆栈溢出错误，那么向量中的 49964 个元素是限制

我认为问题可能与 --max-ppsize 的默认 R 选项为 50000 的事实有关，但将此参数更改为限制 --max-ppsize 500000 并不能解决问题。然而 viterbi() 中的向量限制确实增加了，它从字符串向量中的 49964 个元素增加到大约 499960 个元素。

我试图分块运行维特比算法。首先，我将字符串拆分为 49960 个元素的块并将 viterbi 应用于每个元素，但我得到了相同的错误

list_string <- split(string, ceiling(seq_along(string)/49960))

viterbi_results <- lapply(list_string,function(x) viterbi(HMM,x)$states)
#Error: protect(): protection stack overflow

在 stackoverflow 中，我发现了一个与我遇到的问题类似的问题 LINK .显然，问题的根源在于不需要的循环内的 PROTECT。我跳进了 viterbi 函数的 C++ 源代码，但没有一个 PROTECT。

我也试过 ulimit -s unlimited ，但我遇到了同样的错误。

我正在使用 1009 GB RAM 内存的 unix

链接到 RHmm package

非常感谢您的帮助!

Answer 1

R 启动时增加点堆栈大小:

R --max-pp-size=100000