- html - 出于某种原因,IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好?
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景?
以下代码用作最小示例。它在文本中搜索一个不匹配的正则表达式(后来是一个大的 DNA 文件)。
awk 'BEGIN{print match("CTGGGTCATTAAATCGTTAGC...", /.ATC|A.TC|AA.C|AAT./)}'
后来我对找到正则表达式的位置感兴趣。因此 awk 命令更复杂。
Like it is solved here
example: "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" with 3 mismatches "." allowed:
/
...AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA|
..A.AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA|
..AA.AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA|
-
- and so on. (actually 4060 possibilities)
/
问题我的解决方案是:
最佳答案
正如乔纳森莱夫勒指出的那样in comments您在第一种情况下的问题( bash: /usr/bin/awk: Argument list too long
)来自 shell,您可以通过将 awk 脚本放在文件中来解决该问题。
正如他还指出的那样,您的基本方法不是最佳的。下面是两种选择。
Perl 有许多功能可以帮助您解决这个问题。
您可以使用 ^
两个字符串的异或运算符将返回 \x00
字符串匹配的地方和不匹配的另一个字符。通过最长的字符串与较短的字符串进行异或运算,并使用最大替换计数,您将得到:
use strict;
use warnings;
use 5.014;
my $seq = "CGCCCGAATCCAGAACGCATTCCCATATTTCGGGACCACTGGCCTCCACGGTACGGACGTCAATCAAAT";
my $pat = "AAAAAA";
my $max_subs = 3;
my $len_in = length $seq;
my $len_pat = length $pat;
my %posn;
sub strDiffMaxDelta {
my ( $s1, $s2, $maxDelta ) = @_;
# XOR the strings to find the count of differences
my $diffCount = () = ( $s1 ^ $s2 ) =~ /[^\x00]/g;
return $diffCount <= $maxDelta;
}
for my $i ( 0 .. $len_in - $len_pat ) {
my $substr = substr $seq, $i, $len_pat;
# save position if there is a match up to $max_subs substitutions
$posn{$i} = $substr if strDiffMaxDelta( $pat, $substr, $max_subs );
}
say "$_ => $posn{$_}" for sort { $a <=> $b } keys %posn;
运行此打印:
6 => AATCCA
9 => CCAGAA
10 => CAGAAC
11 => AGAACG
13 => AACGCA
60 => CAATCA
61 => AATCAA
62 => ATCAAA
63 => TCAAAT
替代:
$seq=AAATCGAAAAGCDFAAAACGT;
$pat=AATC;
$max_subs=1;
打印:
1 => AATC
8 => AAGC
15 => AAAC
将其从标准输入或文件转换为“魔术输入”也很容易(与 awk 的风格相同)。
echo "AAATCGAAAAGCDFAAAACGT" | awk -v mc=1 -v seq="AATC" '
{
for(i=1; i<=length($1)-length(seq)+1; i++) {
cnt=0
for(j=1;j<=length(seq); j++)
if(substr($1,i+j-1,1)!=substr(seq,j,1)) cnt++
if (cnt<=mc) print i-1 " => " substr($1,i, length(seq))
}
}'
打印:
1 => AATC
8 => AAGC
15 => AAAC
与上面更长的示例相同的结果。由于输入被移动到 STDIN(或文件)并且正则表达式不需要很大,这应该让您开始使用 Perl 或 Awk。
关于regex - awk unix - 匹配正则表达式 - 正则表达式字符串大小限制 |想法?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/67467829/
如何使用 SPListCollection.Add(String, String, String, String, Int32, String, SPListTemplate.QuickLaunchO
我刚刚开始使用 C++ 并且对 C# 有一些经验,所以我有一些一般的编程经验。然而,似乎我马上就被击落了。我试过在谷歌上寻找,以免浪费任何人的时间,但没有结果。 int main(int argc,
这个问题已经有答案了: In Java 8 how do I transform a Map to another Map using a lambda? (8 个回答) Convert a Map>
我正在使用 node + typescript 和集成的 swagger 进行 API 调用。我 Swagger 提出以下要求 http://localhost:3033/employees/sear
我是 C++ 容器模板的新手。我收集了一些记录。每条记录都有一个唯一的名称,以及一个字段/值对列表。将按名称访问记录。字段/值对的顺序很重要。因此我设计如下: typedef string
我需要这两种方法,但j2me没有,我找到了一个replaceall();但这是 replaceall(string,string,string); 第二个方法是SringBuffer但在j2me中它没
If string is an alias of String in the .net framework为什么会发生这种情况,我应该如何解释它: type JustAString = string
我有两个列表(或字符串):一个大,另一个小。 我想检查较大的(A)是否包含小的(B)。 我的期望如下: 案例 1. B 是 A 的子集 A = [1,2,3] B = [1,2] contains(A
我有一个似乎无法解决的小问题。 这里...我有一个像这样创建的输入... var input = $(''); 如果我这样做......一切都很好 $(this).append(input); 如果我
我有以下代码片段 string[] lines = objects.Split(new string[] { "\r\n", "\n" }, StringSplitOptions.No
这可能真的很简单,但我已经坚持了一段时间了。 我正在尝试输出一个字符串,然后输出一个带有两位小数的 double ,后跟另一个字符串,这是我的代码。 System.out.printf("成本:%.2
以下是 Cloud Firestore 列表查询中的示例之一 citiesRef.where("state", ">=", "CA").where("state", "= 字符串,我们在Stack O
我正在尝试检查一个字符串是否包含在另一个字符串中。后面的代码非常简单。我怎样才能在 jquery 中做到这一点? function deleteRow(locName, locID) { if
这个问题在这里已经有了答案: How to implement big int in C++ (14 个答案) 关闭 9 年前。 我有 2 个字符串,都只包含数字。这些数字大于 uint64_t 的
我有一个带有自定义转换器的 Dozer 映射: com.xyz.Customer com.xyz.CustomerDAO customerName
这个问题在这里已经有了答案: How do I compare strings in Java? (23 个回答) 关闭 6 年前。 我想了解字符串池的工作原理以及一个字符串等于另一个字符串的规则是
我已阅读 this问题和其他一些问题。但它们与我的问题有些无关 对于 UILabel 如果你不指定 ? 或 ! 你会得到这样的错误: @IBOutlet property has non-option
这两种方法中哪一种在理论上更快,为什么? (指向字符串的指针必须是常量。) destination[count] 和 *destination++ 之间的确切区别是什么? destination[co
This question already has answers here: Closed 11 years ago. Possible Duplicates: Is String.Format a
我有一个Stream一个文件的,现在我想将相同的单词组合成 Map这很重要,这个词在 Stream 中出现的频率. 我知道我必须使用 collect(Collectors.groupingBy(..)
我是一名优秀的程序员,十分优秀!