r - ggplot XY 散点图 - 如何更改选定点的 alpha 透明度？

Question

我有大约 14,000 个 XY 对要绘制，并为此使用 ggplot2。

由于点数很高，我不得不使用非常低的 alpha=0.025。我想用不同的颜色和更不透明的颜色突出显示 7 个 XY 点，并附带一个文本图例。

目前，我的 7 个特殊数据点的颜色没有显示，因为它们也在 alpha=0.025。如何增加这些点的不透明度？

我目前的语法是:

trial <- ggplot(df, aes(x = df$SeqIdentityMean, 
                        y = df$SeqIdentityStdDev,
                        color = factor(df$PfamA_ID))) + 
            geom_point(alpha=0.025) + 
            labs(title="Mean Vs. standard deviation of PfamA seed lengths", 
                 x="Average Length (aa)",
                 y="Standard  Deviation of Length (aa)") + 
            theme(legend.title=element_blank(),
                  legend.key=element_rect(fill='NA'))

Answer 1

只需在您的数据集中创建一个 alpha 列，并将您想要突出的点设置为 alpha = 1:

library(ggplot2)
alpha_vector = rep(0.025, nrow(mtcars))
alpha_vector[c(3,6,8)] = 1
mtcars$alpha = alpha_vector
ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) + geom_point(aes(alpha = alpha))

这里的技巧是要意识到 alpha 只是另一种美学。

此外，我不会直接绘制 14k 点并依赖 alpha，我只会使用 2d binning。例如使用 hexbin:

ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) + geom_hexbin()