r - 在 R 中，不能在包 Vignette 文件中编出相同的代码。 "list"对象不能被强制为整数类型

Question

这个问题是关于包 GRATIS 中的 generate_msts() 函数。
我添加了一些新内容(使函数可以选择将其输出转换为可爱的 tsibble 格式或保留原始“列表”格式)并准备更新到 CRAN。
新代码添加如下(代码的详细信息以及问题底部显示的示例)
我想知道我应该得到 tsibble 索引吗？但是生成的数据好像没有索引？

  output <- if (output_format == "list") {
    res                                    #this is output name defined before
  } else if (output_format == "tsibble") {
    as_tsibble(res)
  }
  return(output)
}

作为指导，我在 中更新了此函数的相应示例小插图 .然后事情变得连贯起来。
如果我没有保存生成的时间序列输出(例如 x <- my_function())， 小插图
无法编织。 (不过我可以在独立的普通RMD文件中直接使用这个功能)
直接使用这段代码可以在RStudio里面显示输出，但是不能编出来。

my_function(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")

Error in Fun(X[[i]],...): 'list' object cannot be coerced to type 'integer' Calls: <Anonymous>... 
as.data.frame -> head  -> head.data.frame -> lappy -> FUN Execution halted.

但是，这很好用。它可以编织小插图并显示tsibble的头部。

x <- my_function(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
head(x)

不过这样每次用前都要保存，很不方便。我想知道这是因为我在包中使用了任何默认设置还是小插图没有改变？或者在更改 R 包中的函数后我需要做一些额外的步骤？或者甚至我添加的if else内容需要改进？
我试过 devtools::document("C:/Users/mreal/Documents/GitHub/package_name");devtools::install("C:/Users/mreal/Documents/GitHub/package_name")更新重建功能。但这仍然无助于小插图。
我也试过 rm(list=ls())在 console .它也不起作用
我在小插图中使用的代码如下
Github 链接:
https://github.com/BocongZhao823/gratis/blob/master/vignettes/QuickStart.Rmd

---
title: "Introduction to gratis"
author: "Bocong Zhao"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Introduction to gratis}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

{r initial, echo = FALSE, cache = FALSE, results = 'hide'}
library(knitr)
opts_chunk$set(
  warning = FALSE, message = FALSE, echo = TRUE,
  fig.width = 7, fig.height = 6, fig.align = 'centre',
  comment = "#>"
)
original <- options("tibble.print_min")
options(tibble.print_min = 5)
# <---- Do stuff with changed option, e.g. print some tibbles ----> 
options(tibble.print_min = original)


{r, message=FALSE, include = FALSE}
library(forecast)
library(tsibble)

{r setup}
# load package
library(gratis)

## Generate mutiple seasonal time series

Time series can exhibit multiple seasonal pattern of different length, especially when series observed at a high frequency such as daily or hourly data.

We use function **generate_msts()** to generate mutiple seasonal time series.

**Definitions**

Here are the definitions of parameter settings in function generate_msts():

|parameter settings | Definition|
|:----|:-----|
|seasonal.periods | a vector of seasonal periods of the time series to be generated|
|nComp|number of mixing components when simulating time series using MAR models|
|n    |length of the generated time series|

**Example**

Suppose we want to use MAR model to generate a time series with **2** mixing components and the length **800** from random parameter spaces. Particularly, this time series has two seasonal periods **7** and **365**.

{r fig.height = 6, fig.width = 7}
# Generate mutiple seasonal time series with 'tsibble' output format
x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")
head(x)

**Plot time series**

{r fig.height = 6, fig.width = 7}
# Generate mutiple seasonal time series with 'list' output format
x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="list")
autoplot(x)

(生成的.R文件)包内使用的R代码如下
** Github 链接**
https://github.com/BocongZhao823/gratis/blob/master/R/generate_ts.R

#' Generate mutiple seasonal time series from random parameter spaces of the mixture autoregressive (MAR) models.
#'
#' Generate mutiple seasonal time series from random parameter spaces of the mixture autoregressive (MAR) models.
#' @param seasonal.periods a vector of seasonal periods of the time series to be generated.
#' @param n length of the generated time series.
#' @param nComp number of mixing components when simulating time series using MAR models.
#' @param output_format An optional argument which allows to choose output format between "list" and "tsibble"
#' @return a time series with multiple seasonal periods.
#' @export
#' @examples
#' x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2, output_format= "list")
#' forecast::autoplot(x)
generate_msts <- function(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = NULL,output_format="list") {
  x.list <- map(seasonal.periods, function(p) {
    generate_ts(n.ts = 1, freq = p, n = n, nComp = nComp)$N1$x
  })
  names(x.list) <- paste0("Season", seasonal.periods)
  x.list[1:(length(x.list) - 1)] <- lapply(x.list[1:(length(x.list) - 1)], function(x) {
    x - trendcycle(stl(x, "per"))
  })
  weights <- msts_weights(length(seasonal.periods))
  res <- as_tibble(scale(x.list %>% bind_cols())[, ]) %>%
    mapply("*", ., weights) %>%
    as_tibble() %>%
    mutate(x = rowSums(.)) %>%
    select(x) %>%
    msts(seasonal.periods = seasonal.periods)
  # New content
  output <- if (output_format == "list") {
    res
  } else if (output_format == "tsibble") {
    as_tsibble(res)
  }
  return(output)
}

# ===========================================================================
# Simulated weights for the simulation of msts
# ===========================================================================
msts_weights <- function(n.periods) {
  gamma <- runif(n.periods, 0)
  weights <- gamma / sum(gamma)
  return(weights)
}

Answer 1

我试图为你运行这个 - 我的第一个猜测是 NAMESPACE 问题。不过好像也跟generate_msts()有关功能。
我真的不认为这与首先将其保存到变量 x 无关。 .
以下是我的发现:
不起作用:

x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")

x

不起作用:

print(generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble"))

不起作用:

x <- generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble")

print(x)

作品:

 head(generate_msts(seasonal.periods = c(7, 365), n = 800, nComp = 2,output_format="tsibble"))

在失败的情况下，它总是与您相同的错误消息:

Error: processing vignette 'QuickStart.Rmd' failed with diagnostics:'list' object cannot be coerced to type 'integer'

所以自从 head() , str() , class()一直为我和 工作只有print()没有用 ，我假设是打印功能有问题。所以你的解决方法是将它保存到变量 x只能正常工作，因为您没有调用打印功能。
同样重要 只有在 Rmarkdown 中使用 generate_msts() 时才会出现问题 .正如我稍后解释的，这似乎是合理的，因为在 knitr 中打印与在控制台上打印不同。
当我改变你的 generate_msts()并重建包:

output <- if (output_format == "list") {
    res
  } else if (output_format == "tsibble") {
    tsibble(date = as.Date("2017-01-01") + 0:9,value = rnorm(10))
  }

Rmarkdown 突然运行没有错误。
我的猜测是 有问题打印()用于与 knitr 交互的特定数据。
在 knitr 中打印似乎与在控制​​台上打印不同(可能是它在没有 rmarkdown 的情况下工作的原因)
这是关于自定义打印方法和 knitr 的一个很好的链接:
https://cran.r-project.org/web/packages/knitr/vignettes/knit_print.html

Before knitr v1.6, printing objects in R code chunks basically emulates the R console.

我可以想象 tsibble 包中的 knit_print 的 S3 方法(它只使用 tibble 中的所有打印方法？)可能无法正常用于您的特定数据集(我的意思是它适用于我用 tsibble() 创建的 tsibble )。但只是一个(疯狂的？)猜测......总体上的错误和行为真的很奇怪......
编辑:
这也是错误的 R Markdown 调用堆栈:

 1. ├─base::print(x)
  2. └─tibble:::print.tbl(x)
  3.   ├─cli::cat_line(format(x, ..., n = n, width = width, n_extra = n_extra))
  4.   │ └─base::paste0(..., collapse = "\n")
  5.   ├─base::format(x, ..., n = n, width = width, n_extra = n_extra)
  6.   └─tsibble:::format.tbl_ts(x, ..., n = n, width = width, n_extra = n_extra)
  7.     ├─base::format(trunc_mat(x, n = n, width = width, n_extra = n_extra))
  8.     └─tibble::trunc_mat(x, n = n, width = width, n_extra = n_extra)
  9.       ├─base::as.data.frame(head(x, n))
 10.       ├─utils::head(x, n)
 11.       └─utils:::head.data.frame(x, n)
 12.         └─base::lapply(...)
 13.           └─utils:::FUN(X[[i]], ...)

对你来说应该是类似的，但如果你想自己得到这个，你必须在你的 rmarkdown 文档中执行以下命令

options(rlang_trace_top_env = rlang::current_env())
options(error = function() {
  sink()
  print(rlang::trace_back(bottom = sys.frame(-1)), simplify = "none")
})

但是正如你在调用堆栈中看到的，错误是由 base::print(x) 引起的，它调用了 S3 方法 tibble::print.tbl(x)，然后该方法内部调用了 tsibble:::format.tbl_ts , 调用 tibble::trunc_mat, ... 并导致错误内部的某处。
好的......我沿着这条路走得更远......最终在这些函数调用中困惑的是你在开始时设置的 knitr 选项。
您在 rmarkdown 的开头写道:

original <- options("tibble.print_min")
options(tibble.print_min = 5)

# <---- Do stuff with changed option, e.g. print some tibbles ----> 
options(tibble.print_min = original)

将其更改为:

options(tibble.print_min = 5)

那么应该工作。