r - 使用 devtools::install_github() 安装无法检测到构建工具

Question

这是我第一次尝试下载 Github 包，我在 MacOS Big Sur v11.2.1 上使用 RStudio v1.2.5033 时遇到了一些问题。
最初，当运行

library(devtools)
devtools::install_github('xuyiqing/gsynth')

我收到此错误:

Warning in install.packages :
  installation of package ‘gsynth’ had non-zero exit status

看了一些资料，看来我需要下载命令行工具，所以我下载了 XCode CLI、clang4 和 gfortran。现在我收到一条弹出消息:
"安装构建工具
从源代码构建 R 包需要安装额外的构建工具。
是否要立即安装附加工具？
是/否”
如果我单击“否”，则会收到此错误:

Error: Failed to install 'gsynth' from GitHub:
  Could not find tools necessary to compile a package
Call `pkgbuild::check_build_tools(debug = TRUE)` to diagnose the problem.

在 R 控制台中运行上面的 pkgbuild 代码，这就是我得到的:

Trying to compile a simple C file
Error: Could not find tools necessary to compile a package
Call `pkgbuild::check_build_tools(debug = TRUE)` to diagnose the problem.
rror: Could not find tools necessary to compile a package

Answer 1

看起来你需要解决一些问题来安装这个包(xcode 命令行工具和 OpenMP 支持)，但如果你按照这里的说明操作，你应该解决这些问题:https://stackoverflow.com/a/65334247/12957340
进行必要的更改后，我使用 devtools::install_github('xuyiqing/gsynth') 在我的系统(macOS Big Sur 11.2.3/R 版本 4.0.3)上成功安装了 gsynth。没有问题。
——
以下是万一上面的链接失效的说明:

重新安装 xcode 命令行工具(即使它说“最新”)

sudo rm -rf /Library/Developer/CommandLineTools
sudo xcode-select --install

通过 Homebrew ( instructions for installing Homebrew ) 安装 gcc 和 llvm 或者，如果您已经通过 Homebrew 安装了 gcc/llvm，请跳到下一步

# This can take several hours
brew install gcc
brew install llvm

通过 Homebrew 安装 gcc 和 llvm 后:

brew cleanup
brew update
brew upgrade
brew reinstall gcc
brew reinstall llvm

将一些头文件链接到/usr/local/include

sudo ln -s /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/* /usr/local/include/

# You can safely ignore warnings like this:
#ln: /usr/local/include//tcl.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tclDecls.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tclPlatDecls.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tclTomMath.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tclTomMathDecls.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tk.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tkDecls.h: File exists
#ln: /usr/local/include//tkPlatDecls.h: File exists

新建 ~/.R/Makevars文件(如果您已经有 ~/.R/Makevars 文件，请将其保存在不同的目录中(远离 ~/.R/ )并在文件中仅包含以下行:

FLIBS=-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin19/10.2.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm
CXX1X=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX98=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX11=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX14=/usr/local/gfortran/bin/g++
CXX17=/usr/local/gfortran/bin/g++

LLVM_LOC = /usr/local/opt/llvm
CC=/usr/local/gfortran/bin/gcc -fopenmp
CXX=/usr/local/gfortran/bin/g++ -fopenmp
CFLAGS=-g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe
CXXFLAGS=-g -O3 -Wall -pedantic -std=c++11 -mtune=native -pipe
LDFLAGS=-L/usr/local/opt/gettext/lib -L$(LLVM_LOC)/lib -Wl,-rpath,$(LLVM_LOC)/lib
CPPFLAGS=-I/usr/local/opt/gettext/include -I$(LLVM_LOC)/include -I/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include

从 R/Rstudio 中的源代码编译包

# To check whether openmp is enabled, compile data.table:
install.packages("data.table", type = "source")

如果你的包编译失败，几个 SO 用户不得不安装一个新的 gfortran(re: https://stackoverflow.com/a/65334247/12957340)，你可以从 https://github.com/fxcoudert/gfortran-for-macOS/releases/tag/10.2-bigsur-intel 下载。