r - 散点图中的颜色编码误差条

Question

我正在尝试创建一个 forest plot与 R plotly我想通过相应的 p 值对效果大小(点)及其误差线进行颜色编码。

以下是玩具数据:

set.seed(1)

factors <- paste0(1:25,":age")
effect.sizes <- rnorm(25,0,1)
effect.errors <- abs(rnorm(25,0,1))
p.values <- runif(25,0,1)

这是我正在尝试的:

library(dplyr)
plotly::plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray"))) %>%
      plotly::add_trace(error_x=list(array=effect.errors),marker=list(color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")))) %>%
      plotly::colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value") %>%
      plotly::layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=list(title="Factor",zeroline=F,showticklabels=T))

这给了我:



这非常接近我想要的，除了:

我希望误差线的颜色类似于效果大小(通过相应的 p 值)。

删除两个 trace下面的传说colorbar

y 轴上标签的顺序是 factors

任何的想法？

Answer 1

好吧，我花了一些时间来预热 plotly技能。由于你的第一点是最困难的，我将通过你的观点反向。

这可以通过操作 layout 来实现。使用 categoryorder和 categoryarray在 yaxis -list(参见 motos 答案 here)

套装showlegend=FALSE

那很棘手。我不得不在第一行移动你的第二行(误差线)。为它添加了一个颜色向量。把它放在plot_ly -功能。二手 split允许按组正确着色。为 marker 中的点添加颜色-列表。此外，我转换了 p.values通过 colorRamp to hex - 因为每个更简单的解决方案都不适合我。

看起来像这样:



代码(颜色条产生了一些问题):

### Set category order
yform <- list(categoryorder = "array",
              categoryarray = rev(factors),
              title="Factor",zeroline=F,showticklabels=T)

### set the color scale and convert it to hex
library(grDevices)
mycramp<-colorRamp(c("darkred","gray"))
mycolors<-rgb(mycramp(p.values),maxColorValue = 255)

### plot without the adjusted colorbar
library(plotly)
### Without colorbar adjustment
  plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

  ### The colorbar-adjustment kicks out the original colors of the scatter points. Either you plot them over
  plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform) %>%
  colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value",inherit=FALSE) %>%
      add_trace(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
            showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors),inherit=FALSE) %>%
    layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

  ### or you try to set the colorbar before the plot. This results in some warnings
  plot_ly() %>%
  colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value",inherit=FALSE) %>%
      add_trace(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

奇怪的是，第一点如此难以解决并导致如此大的代码括号，因为通常 plotly非常好地支持该管道逻辑，并且您将获得带有所有 add 的非常易读的代码。 -职能。

我预计，例如，一些 add_errorbar -function，但显然您必须在 plot_ly 中添加错误栏-function 和用于错误的颜色向量仅在您使用 split 时才有效-功能。如果有人想对此发表评论或发布具有更多可读代码的替代答案，那将会很有趣。