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我有一个如图所示的数据框,我想要做的是沿“试验”列取平均值。它为每 subject
, condition
和 sample
(当所有这三列的值为 1 时),取沿列试验(100 行)的数据的平均值。
我在 Pandas 中所做的如下
sub_erp_pd= pd.DataFrame()
for j in range(1,4):
sub_c=subp[subp['condition']==j]
for i in range(1,3073):
sub_erp_pd=sub_erp_pd.append(sub_c[sub_c['sample']==i].mean(),ignore_index=True)
但这需要很多时间..
%%time
sub_erp=pd.DataFrame()
for subno in progressbar.progressbar(range(1,82)):
try:
sub=pd.read_csv('../input/data/{}.csv'.format(subno,subno),header=None)
except:
sub=pd.read_csv('../input/data/{}.csv'.format(subno,subno),header=None)
sub_erp=sub_erp.append(sub.groupby(['condition','sample'], as_index=False).mean())
使用 pandas 读取文件需要 13.6 秒,而使用 dask 读取文件需要 61.3 毫秒。但是在 dask 中,我在追加时遇到了麻烦。
最佳答案
如果我理解正确,你需要
groupby
(阅读更多 here )以便对 subject
进行分组, condition
和 sample
列.mean()
取平均值df = df = pd.DataFrame(np.random.randint(0,100,size=(100, 3)),
columns=['trial','condition','sample'])
df.insert(0,'subject',[1]*10 + [2]*30 + [5]*60)
print(df.head())
subject trial condition sample
0 1 71 96 34
1 1 2 89 66
2 1 90 90 81
3 1 93 43 18
4 1 29 82 32
Pandas 接近
mean
df_grouped = df.groupby(['subject','condition','sample'], as_index=False)['trial'].mean()
print(df_grouped.head(15))
subject condition sample trial
0 1 18 24 89
1 1 43 18 93
2 1 67 47 81
3 1 82 32 29
4 1 85 28 97
5 1 88 13 48
6 1 89 59 23
7 1 89 66 2
8 1 90 81 90
9 1 96 34 71
10 2 0 81 19
11 2 2 39 58
12 2 2 59 94
13 2 5 42 13
14 2 9 42 4
Dask 方法
import dask.dataframe as dd
from dask.diagnostics import ProgressBar
步骤 2. 转换 Pandas
DataFrame
到达斯克
DataFrame
, 使用
.from_pandas
ddf = dd.from_pandas(df, npartitions=2)
步骤 3. 聚合并取
mean
ddf_grouped = (
ddf.groupby(['subject','condition','sample'])['trial']
.mean()
.reset_index(drop=False)
)
with ProgressBar():
df_grouped = ddf_grouped.compute()
[ ] | 0% Completed | 0.0s
[########################################] | 100% Completed | 0.1s
print(df_grouped.head(15))
subject condition sample trial
0 1 18 24 89
1 1 43 18 93
2 1 67 47 81
3 1 82 32 29
4 1 85 28 97
5 1 88 13 48
6 1 89 59 23
7 1 89 66 2
8 1 90 81 90
9 1 96 34 71
10 2 0 81 19
11 2 2 39 58
12 2 2 59 94
13 2 5 42 13
14 2 9 42 4
重要提示:此答案中的方法不使用创建空的 Dask DataFrame 并向其附加值的方法,以计算主题、条件和试验分组内的平均值。相反,此答案提供了一种替代方法(使用
GROUP BY
)来获得所需的最终结果(计算主题、条件和试验分组内的平均值)。
关于python - Dask DataFrame 计算多列分组内的平均值,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/55665170/
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