R 的插入符号包中的 rfe 给出错误为 : task 1 failed - "argument 1 is not a vector"

Question

我有一个 training_predictors设置 56 列 ，都是numeric . training_labels是 factor 0 的向量和 1 .

我使用以下列表作为要测试的子集大小。

subset_sizes <- c(1:5, 10, 15, 20, 25)

以下是修改后的列表 rfFuncs职能。

rfRFE <- list(summary = defaultSummary, 
              fit = function(x, y, first, last, ...) {
                  library(randomForest)
                  randomForest(x, y, importance = first, ...)
              }, 
              pred = function(object, x) predict(object, x), 
              rank = function(object, x, y) {
                  vimp <- varImp(object)
                  vimp <- vimp[order(vimp$Overall, decreasing = TRUE),,drop = FALSE]
                  vimp$var <- rownames(vimp)
                  vimp
              }, 
              selectSize = pickSizeBest, 
              selectVar = pickVars)

我已将控制函数声明为:

rfeCtrl <- rfeControl(functions = rfRFE, 
                      method = "cv", 
                      number = 10, 
                      verbose = TRUE)

但是当我运行 rfe功能如下图，

rfProfile <- rfe(training_predictors, 
                 training_labels, 
                 sizes = subset_sizes, 
                 rfeControl = rfeCtrl)

我收到一个错误:

Error in { : task 1 failed - "argument 1 is not a vector"

我也尝试改变向量 subset_sizes ，但仍然没有运气。我究竟做错了什么？

更新:我试着一一运行这些步骤，问题似乎出在 rank功能。但我仍然无法弄清楚问题所在。

更新:我发现了问题所在。 varImp排名函数中不包含 $Overall .但它包含名称为 0 的列和 1 .为什么会这样？什么 0和 1表示(顺便说一下，两个列值完全相同)？另外，我该如何制作 varImp返回 $Overall柱子？ [作为临时解决方案，我正在创建一个新列 $Overall并将其附加到 vimp在 rank功能。]

Answer 1

使用 0和 1因为因子水平是有问题的，因为它们不是有效的 R 列名称。在您的其他 SO 帖子中，您可能会收到一条关于将这些用作输出因子水平的消息。

尝试使用具有更多信息级别的因子结果，这些级别可以转换为有效的 R 列名称(对于类概率)。