r - geom_point 点手动缩放

Question

我得到了一些数据(名为 result.df)，如下所示:

    orgaName                  abundance          pVal         score        
     A                        3          9.998622e-01     1.795338e-04
     B                        2          9.999790e-01     1.823428e-05
     C                        1          2.225074e-308    3.076527e+02
     D                        1          3.510957e-01     4.545745e-01

等等...

我现在正在绘制的是:

p1 <- ggplot(result.df, aes(log2(abundance), (1-pVal), label=orgaName)) +
   ylab("1 - P-Value")+
   xlab("log2(abundance)")+
   geom_point(aes(size=score))+
   ggtitle(colnames(case.count.matrix)[i])+
   geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+       
   geom_hline(aes(yintercept=.95), colour="blue", linetype="dashed")+
   theme_classic()

一切正常，看起来相当不错。但是，我想要的是缩放通过引入的点大小

geom_point(aes(size=score))+

根据固定值进行缩放。所以图例应该以十进制对数进行缩放，但分数应该保持不变。这样，低分几乎消失，而大分在不同“result.df”之间的点大小方面具有可比性。

编辑

在检查了@roman 和@vrajs5 的评论后，我能够制作出这样的情节 .
使用以下代码:

   ggplot(result.df, aes(log2(abundance), (1-pVal), label=orgaName)) +
   ylab("1 - P-Value")+
   xlab("log2(abundance)")+
   geom_point(aes(size=score))+
   ggtitle(colnames(case.count.matrix)[i])+    
   #geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05 & log2(abundance) > xInt),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+
   geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+
   geom_hline(aes(yintercept=.95), colour="blue", linetype="dashed")+
   #geom_vline(aes(xintercept=xInt), colour="blue", linetype="dashed")+
   #geom_text(data=subset(result.df, pVal > 0.05 & log2(abundance) > xInt),alpha=.5,hjust=.65, vjust=-1.2,size=2)+
   #geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05 & log2(abundance) < xInt),alpha=.5,hjust=.65, vjust=-1.2,size=2)+
   theme_classic() + 
   scale_size(range=c(2,12),expand=c(2,0),breaks=c(0,1,10,100,1000,1000000),labels=c(">=0",">=1",">=10",">=100",">=1000",">=1000000"),guide="legend")

如您所见，中断被引入并标记为意图。然而，图例中的点大小并不反射(reflect)图中的点大小。知道如何解决这个问题吗？

Answer 1

正如@Roman 提到的，如果你使用 scale_size 你可以指定大小的限制..

以下是如何控制点大小的示例

result.df = read.table(text = 'orgaName                  abundance          pVal         score        
A                        3          9.998622e-01     1.795338e-04
B                        2          9.999790e-01     1.823428e-05
C                        1          2.225074e-308    3.076527e+02
D                        1          3.510957e-01     4.545745e-01
E                        3          2.510957e-01     2.545745e+00
F                        3          1.510957e-02     2.006527e+02
G                        2          5.510957e-01     3.545745e-02', header = T)

library(ggplot2)
ggplot(result.df, aes(log2(abundance), (1-pVal), label=orgaName)) +
  ylab("1 - P-Value")+
  xlab("log2(abundance)")+
  geom_point(aes(size=score))+
  #ggtitle(colnames(case.count.matrix)[i])+
  geom_text(data=subset(result.df, pVal < 0.05),hjust=.65, vjust=-1.2,size=2.5)+       
  geom_hline(aes(yintercept=.95), colour="blue", linetype="dashed")+
  theme_classic() + 
  scale_size(range = c(2,12))

输出图是