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r - 如何控制ggraph中的节点颜色?

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-03 16:24:10 25 4
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我有一个网络图,我想为边着色以匹配它们各自的节点。这在 igraph 中相当直接情节,但我更喜欢做 ggraph因为我喜欢包装提供的其他美学。

似乎对 ggraph 中的节点颜色几乎没有控制。 ;而边缘颜色被广泛覆盖。

我的问题是:如何将我的边与使用自定义函数着色的节点进行匹配,以便“离开”节点的每条边的颜色与其节点相同。这应该有助于人们更轻松地通过网络跟踪流量。一个更普遍的问题是:ggraph 如何在美学论证之外分配颜色。我的问题类似于我之前在这里问过的另一个问题,但反过来(将边与节点匹配),发现 here .

这是一个可重现的示例:

library(tidyverse)
library(igraph)
library(ggraph)
library(tidygraph)
library(RColorBrewer)

## the custom function using Color Brewer
cols_f <- colorRampPalette(RColorBrewer::brewer.pal(11, 'Spectral'))

## make the graph
g <- erdos.renyi.game(50, .1)

# provide some names
V(g)$name <- 1:vcount(g)

#plot using ggraph
g %>%
as_tbl_graph() %>%
activate(nodes) %>%
mutate(degree = centrality_degree()) %>%
ggraph()+
geom_edge_fan(aes(color = as.factor(from),
alpha = ..index..),
show.legend = F)+
geom_node_point(aes(size = degree),
color = cols_f(vcount(g)), # custom function for node color
show.legend = F)+
scale_color_manual(values = cols_f(ecount(g)))+ # custom function for edge color
coord_equal()

enter image description here

最佳答案

我个人发现明确地使用 layout对象有助于理解变量映射。

它具有“layout_igraph”+“layout_ggraph”+“data.frame”类并包含

  • data.frame对于其坐标由 create_layout 定义的节点以及
  • 输入“tbl_graph”+“igraph”对象(见 attributes(layout)$graph)

  • 前者由 geom_node_point 访问绘制节点,后者由 geom_edge_fan绘制边缘。

    可以使用ggplot2标准 scale_color_manual控制节点的颜色, 边的颜色与 ggraph 相加 scale_edge_color_manual .如果 limits,两者都可以与相同的节点名称~颜色映射一起使用。属性被相应地设置,因为它包含...

    a character vector that defines possible values of the scale and their order.


    library(tidyverse)
    library(igraph)
    library(ggraph)
    library(tidygraph)

    ## the custom function using Color Brewer
    cols_f <- colorRampPalette(RColorBrewer::brewer.pal(11, 'Spectral'))

    ## make the graph
    g <- erdos.renyi.game(50, .1)

    # provide some names
    V(g)$name <- 1:vcount(g)

    # plot using ggraph
    graph_tbl <- g %>%
    as_tbl_graph() %>%
    activate(nodes) %>%
    mutate(degree = centrality_degree())

    layout <- create_layout(graph_tbl, layout = 'igraph', algorithm = 'nicely')

    ggraph(layout) +
    geom_edge_fan(
    aes(color = as.factor(from), alpha = ..index..),
    show.legend = F
    ) +
    geom_node_point(
    aes(size = degree, color = as.factor(name)),
    show.legend = F
    ) +
    scale_color_manual(
    limits = as.factor(layout$name),
    values = cols_f(nrow(layout))
    ) +
    scale_edge_color_manual(
    limits = as.factor(layout$name),
    values = cols_f(nrow(layout))
    ) +
    coord_equal()

    example graph

    关于r - 如何控制ggraph中的节点颜色?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/54185514/

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