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在使用Python和Numpy实现某些Gauss-Seidel求解器时,我发现了一个有趣的副作用。
我试图提取一些最小的例子:
number = 1000
startup = 'import numpy as np;N = 2048;X = np.arange(N * N).reshape((N, N));'
startup2 = startup + 'np.empty_like(X)'
example = ('X[1:: 2, : -1: 2] = ('
'X[: -1: 2, 1:: 2] +'
'X[1:: 2, : -1: 2] +'
'X[1:: 2, : -1: 2] +'
'X[: -1: 2, : -1: 2])/4')
在我的机器上运行
print(timeit.timeit(example, setup=startup, number=number))
大约需要5秒钟
print(timeit.timeit(example, setup=startup2, number=number))
则需要约4秒钟的时间。
np.emtpy_like(X)
有这种不必要的数组分配,但速度快了大约1s。我在各种机器上以及各种数组大小或迭代中观察到了这种影响。
np.emtpy_like(X)
创建的未使用的数组,以加快临时数组的分配。
/4
example = ('X[1:: 2, : -1: 2] = ('
'X[: -1: 2, 1:: 2] +'
'X[1:: 2, : -1: 2] +'
'X[1:: 2, : -1: 2] +'
'X[: -1: 2, : -1: 2])')
然后,我看不到不同版本之间执行时间的差异。因此,我假设在这种情况下,计算可以就地完成,然后就没有时间分配。
number = 1000
N = 1024
X = np.arange(N * N).reshape((N, N))
np.empty_like(X)
for _ in range(number):
X[1:: 2, : -1: 2] = (X[: -1: 2, 1:: 2] + X[1:: 2, : -1: 2] +
X[1:: 2, : -1: 2] + X[: -1: 2, : -1: 2]) / 4
比这快
number = 1000
N = 1024
X = np.arange(N * N).reshape((N, N))
for _ in range(number):
X[1:: 2, : -1: 2] = (X[: -1: 2, 1:: 2] + X[1:: 2, : -1: 2] +
X[1:: 2, : -1: 2] + X[: -1: 2, : -1: 2]) / 4
我感到非常惊讶,因为使用
np.empty_like(X)
进行的完全未使用和不必要的数组分配似乎加速了下面的循环。
np.empty_like
,
zeros_like
,
ones_like
,
ones(X.shape)
或
X.copy()
都没关系。
number = 1000
N = 1024
X = np.arange(N * N).reshape((N, N))
tracemalloc.start()
np.empty_like(X)
for _ in range(number):
X[1:: 2, : -1: 2] = (X[: -1: 2, 1:: 2] + X[1:: 2, : -1: 2] +
X[1:: 2, : -1: 2] + X[: -1: 2, : -1: 2]) / 4
s2 = tracemalloc.take_snapshot()
display_top(s2)
其中display_top是文档中的方法,除了我以字节为单位打印而不是以KB为单位打印。
np.empty_like(X)
的额外数组分配的情况下运行它时,我得到一些输出,如下所示:
Top 10 lines
#1: ./minexample.py:40: 160.0 B
X[1:: 2, : -1: 2] = (X[: -1: 2, 1:: 2] + X[1:: 2, : -1: 2] + X[1:: 2, : -1: 2] + X[: -1: 2, : -1: 2]) / 4
#2: ./minexample.py:39: 28.0 B
for _ in range(1000):
Total allocated size: 188.0 B
有了额外的分配,我得到了:
Top 10 lines
#1: ./minexample.py:40: 128.0 B
X[1:: 2, : -1: 2] = (X[: -1: 2, 1:: 2] + X[1:: 2, : -1: 2] + X[1:: 2, : -1: 2] + X[: -1: 2, : -1: 2]) / 4
#2: ./minexample.py:38: 32.0 B
np.empty_like(X)
#3: ./minexample.py:39: 28.0 B
for _ in range(1000):
Total allocated size: 188.0 B
因此,与没有预分配的未使用数组时相比,循环中分配的行的大小要小。因此在我看来,这个未使用的数组已被重用。
最佳答案
empty_like(X)
初始化一个具有与X
相同尺寸的数组(或矩阵),并用random values填充它,这是一个非常快的过程。但是请记住,+ empty_like(X)
不能给您想要的结果(您需要zeros_like(X)
)!
为什么在numpy中快速添加两个数组与密集排列的数组有关,并在此进行了描述:https://stackoverflow.com/a/8385658/14344821,这可能比用显式提及的条目创建矩阵X
更快。
here提供了有关如何有效创建numpy数组的技巧。
关于python - numpy是否正在重用未使用的数组中的内存?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/64481496/
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