r - TukeyHSD 错误

Question

我有一个如下所示的数据，我尝试执行方差分析并检查所有列之间的差异。它们彼此之间的差异有多大等等。

df<- structure(list(color = structure(c(3L, 4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
    4L, 4L, 4L), .Label = c("B", "G", "R", "W"), class = "factor"), 
        type = 1:10, X1 = c(0.006605138, 0.001165448, 0.006975109, 
        0.002207839, 0.00187902, 0.002208638, 0.001199808, 0.001162252, 
        0.001338847, 0.001106317), X2 = c(0.006041392, 0.001639298, 
        0.006140877, 0.002958169, 0.002744017, 0.003107995, 0.001729594, 
        0.001582564, 0.001971713, 0.001693236), X3 = c(0.024180351, 
        0.002189061, 0.027377442, 0.002886651, 0.002816333, 0.003527908, 
        0.00231891, 0.001695633, 0.00212034, 0.001962923)), .Names = c("color", 
    "type", "X1", "X2", "X3"), row.names = c(NA, 10L), class = "data.frame")

首先我使用以下命令执行方差分析

 anovar= aov(type~.,df)

然后总结输出如下:

summary(anovar)

到目前为止，它表现得很好，表现也很好。但是，当我尝试执行 TukeyHSD 时，我似乎遇到了结构问题。错误如下。我搜索了，我找不到任何类似的情况。任何评论将不胜感激

TukeyHSD(anovar)
# Error in rep.int(n, length(means)) : unimplemented type 'NULL' in 'rep3'
# In addition: Warning messages:
# 1: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: X1
# 2: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: X2
# 3: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: X3

Answer 1

正如 TukeyHSD 文档的描述中所说，该函数创建了一组关于 的水平均值之间差异的置信区间。系数 具有指定的家庭覆盖概率。

这意味着您需要在数据集中包含因子才能运行它。因此，如果您按如下方式选择因子，它会起作用:

> TukeyHSD(anovar, which = 'color') #color is the only categorical data

  Tukey multiple comparisons of means
    95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = type ~ ., data = df)

$color
     diff       lwr      upr     p adj
W-R 4.375 -1.465325 10.21532 0.1121168

您还会收到一条警告，指出忽略非因子 X1、X2、X3。

为了打印 TukeyHSD 对象，只需保存它并使用 plot .有一个 plot TukeyHSD 类对象的方法(以及 print 方法)。

forplot <- TukeyHSD(anovar, which = 'color')
plot(forplot)