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我正在探索一些生物信息学数据,并且我喜欢尽可能使用 R 笔记本(即 Rmarkdown)。现在,我需要使用命令行工具来分析 VCF 文件,我想通过 Rmarkdown 笔记本中的 Bash 代码块来分析。
问题是我要使用的命令是用 conda
安装的。进入我的 conda 环境。该工具是bcftools
.当我尝试访问此命令时,我收到此错误(代码块已注释掉以显示 rmarkdown 代码块格式):
#```{bash}
bcftools view -H test.vcf.gz
#```
/var/folders/9l/phf62p1s0cxgnzp4hgl7hy8h0000gn/T/RtmplzEvEh/chunk-code-6869322acde0.txt: line 3: bcftools: command not found
> bcftools view -H test.vcf.gz | head -n 3
chr10 78484538 . A C . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:34:33:0:0%:0,33,0,0 0/1:.:23:19:4:17.39%:1,18,0,4
chr12 4333138 . G T . PASS DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:72:71:1:1.39%:71,0,1,0 0/1:.:47:42:5:10.64%:42,0,5,0
chr15 75086860 . C T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013095 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:15:15:0:0%:4,11,0,0 0/1:.:13:8:5:38.46%:5,3,1,4
(binfo)
conda
Rmarkdown 中 shell block 中的命令。任何帮助将不胜感激,因为我喜欢用于探索性分析的 R 笔记本格式。
最佳答案
将参数传递给引擎
如果您的 Conda 是 properly configured to work in bash , 那么你可以使用 engine.opts
告诉 bash 以登录模式启动(即,获取您的 .bash_profile
(Mac) 或 .bashrc
(Linux)):
bash
```{bash engine.opts='-l'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```
zsh
(例如,Mac OS 10.15 Catalina 用户),然后是交互式标志,
--interactive|-i
就是你想要的(图片来源:
@Leo )。
```{zsh engine.opts='-i'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```
conda init zsh
设置 Conda 以使用 shell。
conda env export > environment.yaml
.另一种选择是直接在 Rmd 的末尾输出该信息,就像通常使用
sessionInfo()
所做的一样。 .那是,
```{bash engine.opts='-l', comment=NA}
conda env export
```
comment=NA
以便可以从渲染版本中干净地复制输出。
关于R Markdown : Can't access Bash command installed through Conda/Anaconda,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/58125986/
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