r - 向聚类散点图 (tSNE) 添加文本注释

Question

我有 XY数据(一个二维 tSNE 嵌入高维数据)，我想要 scatter plot .数据被分配到几个cluster s，所以我想用 cluster 对点进行颜色编码然后为每个 cluster 添加一个标签，具有与 cluster 相同的颜色编码s，并且位于 cluster 之外(尽可能)的点。

知道如何使用 R 来做到这一点在任一 ggplot2和 ggrepel或 plotly ?

这是示例数据(XY 坐标和 cluster 分配在 df 中，标签在 label.df 中)和 ggplot2一部分:

library(dplyr)
library(ggplot2)
set.seed(1)
df <- do.call(rbind,lapply(seq(1,20,4),function(i) data.frame(x=rnorm(50,mean=i,sd=1),y=rnorm(50,mean=i,sd=1),cluster=i)))
df$cluster <- factor(df$cluster)

label.df <- data.frame(cluster=levels(df$cluster),label=paste0("cluster: ",levels(df$cluster)))

ggplot(df,aes(x=x,y=y,color=cluster))+geom_point()+theme_minimal()+theme(legend.position="none")

Answer 1

geom_label_repel() ggrepel 中的函数包允许您轻松地向绘图添加标签，同时尝试“排斥”标签不与其他元素重叠。对现有代码稍作补充，我们汇总数据/获取放置标签位置的坐标(这里我选择了每个集群的左上角区域 - 这是 x 的最小值和 y 的最大值)并合并它使用包含集群标签的现有数据。在对 geom_label_repel() 的调用中指定此数据框并指定包含 label 的变量美学在 aes() .

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(ggrepel)

set.seed(1)
df <- do.call(rbind,lapply(seq(1,20,4),function(i) data.frame(x=rnorm(50,mean=i,sd=1),y=rnorm(50,mean=i,sd=1),cluster=i)))
df$cluster <- factor(df$cluster)

label.df <- data.frame(cluster=levels(df$cluster),label=paste0("cluster: ",levels(df$cluster)))
label.df_2 <- df %>% 
  group_by(cluster) %>% 
  summarize(x = min(x), y = max(y)) %>% 
  left_join(label.df)

ggplot(df,aes(x=x,y=y,color=cluster))+geom_point()+theme_minimal()+theme(legend.position="none") +
  ggrepel::geom_label_repel(data = label.df_2, aes(label = label))