r - 使用 sink() 在 foreach 循环中捕获消息时如何避免 'sink stack is full' 错误

Question

为了查看在 foreach() 中运行的函数输出的控制台消息循环我遵循了 this guy 的建议并添加了一个 sink()像这样调用:

   library(foreach)    
   library(doMC)
   cores <- detectCores()
   registerDoMC(cores)

   X <- foreach(i=1:100) %dopar%{
   sink("./out/log.branchpies.txt", append=TRUE)
   cat(paste("\n","Starting iteration",i,"\n"), append=TRUE)
   myFunction(data, argument1="foo", argument2="bar")
   }

但是，在第 77 次迭代时，我收到错误消息“接收器堆栈已满”。有 well-answered questions关于在使用 for 循环而不是 foreach 时避免此错误。将隐藏的 foreach 输出写入文件的最佳方法是什么？

Answer 1

这在我的 Mac 上运行没有错误:

library(foreach)    
library(doMC)
cores <- detectCores()
registerDoMC(cores)

X <- foreach(i=1:100) %dopar%{
  sink("log.branchpies.txt", append=TRUE)
  cat(paste("\n","Starting iteration",i,"\n"))
  sink() #end diversion of output
  rnorm(i*1e4)
}

这个更好:

library(foreach)    
library(doMC)
cores <- detectCores()
registerDoMC(cores)
sink("log.branchpies.txt", append=TRUE)
X <- foreach(i=1:100) %dopar%{
  cat(paste("\n","Starting iteration",i,"\n"))
    rnorm(i*1e4)
}
sink() #end diversion of output

这也有效:

library(foreach)    
library(doMC)
cores <- detectCores()
registerDoMC(cores)

X <- foreach(i=1:100) %dopar%{
  cat(paste("\n","Starting iteration",i,"\n"), 
       file="log.branchpies.txt", append=TRUE)
  rnorm(i*1e4)
}