r - 使用系统命令中断循环

Question

我在通常使用 bash 脚本的地方越来越多地使用 Rscript。一个小小的烦恼是，这些脚本中有许多会在 system() 上循环。如果我试图中断它，那么基本上没有时间让 R 捕获我的 control-c 的调用。相反，它只是中止正在运行的系统命令并继续进行下一次循环迭代。例如，当我尝试通过按住 control-c 来中断以下操作时，它仍然可以通过所有迭代:

for(i in 1:10) {
  cat(i)
  system('sleep 3')
}

到目前为止，我一直只是通过在每个循环中插入一个小的暂停来解决这个问题，例如

for(i in 1:10) {
  Sys.sleep(0.25)
  cat(i)
  system('sleep 3')
}

如果我按住 control-c，这会让我在一两次迭代中中止，但我想知道，有没有更有效的方法来完成这种行为？

Answer 1

约翰，我不确定这是否会有所帮助，但通过调查 setTimeLimit ，我了解到它可以在用户能够执行中断时停止执行，例如 Ctrl-C。见 this question对于一些引用。

特别是，回调可能是要走的路，我会查看 addTaskCallback和 this guide on developer.r-project.org .

这里还有四点建议:

尽管这是一个 hack，但我可以使用一种非常不同的方法来调用两个 R session ，一个是主 session ，另一个只是为了执行主 session 传递的 shell 命令而存在，它仅在开始之前等待确认工作已完成下一个。

如果您可以使用 foreach而不是 for (并行，通过 %dopar%，或串行 %do% 而不是 %dopar% 或只有 1 个注册 worker )，这可能更易于中断，因为它可能相当于第一个建议(因为它 fork R)。

如果您可以检索外部命令的退出代码，则可以将其传递给有条件的循环。 This previous Q&A在这方面会有所帮助。

如果您想让所有内容都在 bash 脚本中运行，那么 R 可以只编写一个长脚本(即将一个字符串或一系列字符串输出到文件中)。这可以执行并且中断保证不会影响循环，因为您已经展开循环。或者，您可以在 bash 中编写循环。 Here are examples .就个人而言，我喜欢使用 find 将命令应用于文件(例如 find .... -exec doStuff {} ';' )或通过反引号作为输入。不幸的是，我不能轻易地在 SO 上提供格式良好的代码，因为它在反引号中嵌入了反引号... See this page for examples因此，在这种情况下，您可能只有一个命令，没有循环，并将函数应用于满足一组特定条件的所有文件。通过反引号使用命令替换对于 bash 用户来说是一个非常方便的技巧。