r - nls 问题 : Missing value or an infinity produced when evaluating the model

Question

我是 R 新手，试图将植物光合光响应曲线(饱和、曲线)拟合到专家接受的特定模型。目标是获得 Am、Rd 和 LCP 的估计系数值。这是我不断收到的错误:

Error in numericDeriv(form[[3L]], names(ind), env) : 
  Missing value or an infinity produced when evaluating the model

我已经多次切换起始值，但仍然没有运气。帮助？提前谢谢你。下面的示例数据集。

photolrc= c(3.089753, 6.336478, 7.737142, 8.004812, 8.031599)
PARlrc= c(48.69624, 200.08539, 499.29840, 749.59222, 1250.09363)
curvelrc<-data.frame(PARlrc,photolrc)
curve.nlslrc = nls(photolrc ~ Am*(1-((1-(Rd/Am))^(1-(PARlrc/LCP)))),start=list(Am=(max(photolrc)-min(photolrc)),Rd=-min(photolrc),LCP= (max(photolrc)-1)))
coef(curve.nlslrc)

Answer 1

minpack.lm 来救援:

library(minpack.lm)
curve.nlslrc = nlsLM(photolrc ~ Am*(1-((1-(Rd/Am))^(1-(PARlrc/LCP)))),
                   start=list(Am=(max(photolrc)-min(photolrc)),
                              Rd=-min(photolrc),
                              LCP= (max(photolrc)-1)),
                   data = curvelrc)
coef(curve.nlslrc)
  #      Am         Rd        LCP 
  #8.011311   1.087484 -20.752957

plot(photolrc ~ PARlrc, data = curvelrc)
lines(0:1300, 
      predict(curve.nlslrc, 
              newdata = data.frame(PARlrc = 0:1300)))

如果您通过 start = list(Am = 8, Rd = 1, LCP = -20)至 nls你也得到了成功的契合。

考虑到这背后的科学，我不知道参数值是否是合理的估计。 LCP 可以为负数吗？