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我正在使用脚本开始 SLURM 作业,脚本必须根据它的位置工作,该位置是在脚本本身内部使用 SCRIPT_LOCATION=$(realpath $0)
获得的。 .但是 SLURM 将脚本复制到 slurmd
文件夹并从那里开始工作,它搞砸了进一步的行动。
是否有任何选项可以在移动/复制之前获取用于 slurm 作业的脚本的位置?
脚本位于网络共享文件夹 /storage/software_folder/software_name/scripts/this_script.sh
它必须:
software_name
文件夹 software_name
文件夹到本地文件夹 /node_folder
在节点 /node_folder/software_name/scripts/launch.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --partition=my_partition_name
# getting location of software_name
SHARED_PATH=$(dirname $(dirname $(realpath $0)))
# separating the software_name from path
SOFTWARE_NAME=$(basename $SHARED_PATH)
# target location to copy project
LOCAL_SOFTWARE_FOLDER='/node_folder'
# corrected path for target
LOCAL_PATH=$LOCAL_SOFTWARE_FOLDER/$SOFTWARE_NAME
# Copying software folder from network storage to local
cp -r $SHARED_PATH $LOCAL_SOFTWARE_FOLDER
# running the script
sh $LOCAL_PATH/scripts/launch.sh
sh /storage/software/scripts/this_script.sh
.
sbatch /storage/software/scripts/this_script.sh
它被分配给节点之一,但是:
/var/spool/slurmd/job_number/slurm_script
从 $(dirname $(dirname $(realpath $0)))
起,一切都搞砸了返回 /var/spool/slurmd
/storage/software_folder/software_name/
)?
sbatch -D /storage/software_folder/software_name ./scripts/this_script.sh
运行并使用
SHARED_PATH="${SLURM_SUBMIT_DIR}"
在脚本本身内部。
sbatch: error: Unable to open file ./scripts/this_script.sh
.
sbatch -D /storage/software_folder/software_name /storage/software_folder/software_name/scripts/this_script.sh
.它试图运行,但是:
echo "${SLURM_SUBMIT_DIR}"
脚本内部打印 /home/username_who_started_script
而不是 /storage/software_folder/software_name
#SBATCH --chdir=/storage/software_folder/software_name
在脚本内部,但在这种情况下
echo "${SLURM_SUBMIT_DIR}"
返回
/home/username_who_started_script
或
/
(如果以 root 身份运行)
${SLURM_SUBMIT_DIR}
联系仅当任务运行为:
cd /storage/software_folder/software_name
sbatch ./scripts/this_script.sh
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --partition=my_partition_name
# check if script is started via SLURM or bash
# if with SLURM: there variable '$SLURM_JOB_ID' will exist
# `if [ -n $SLURM_JOB_ID ]` checks if $SLURM_JOB_ID is not an empty string
if [ -n $SLURM_JOB_ID ]; then
# check the original location through scontrol and $SLURM_JOB_ID
SCRIPT_PATH=$(scontrol show job $SLURM_JOBID | awk -F= '/Command=/{print $2}')
else
# otherwise: started with bash. Get the real location.
SCRIPT_PATH=$(realpath $0)
fi
# getting location of software_name
SHARED_PATH=$(dirname $(dirname $(SCRIPT_PATH)))
# separating the software_name from path
SOFTWARE_NAME=$(basename $SHARED_PATH)
# target location to copy project
LOCAL_SOFTWARE_FOLDER='/node_folder'
# corrected path for target
LOCAL_PATH=$LOCAL_SOFTWARE_FOLDER/$SOFTWARE_NAME
# Copying software folder from network storage to local
cp -r $SHARED_PATH $LOCAL_SOFTWARE_FOLDER
# running the script
sh $LOCAL_PATH/scripts/launch.sh
最佳答案
您可以从 scontrol
获取提交脚本的初始(即提交时)位置。像这样:
scontrol show job $SLURM_JOBID | awk -F= '/Command=/{print $2}'
realpath $0
与上述部分。当然,这只适用于 Slurm 分配。因此,如果您希望脚本在任何情况下都能正常工作,您将需要一些逻辑,例如:
if [ -n $SLURM_JOB_ID ] ; then
THEPATH=$(scontrol show job $SLURM_JOBID | awk -F= '/Command=/{print $2}')
else
THEPATH=$(realpath $0)
fi
SHARED_PATH=$(dirname $(dirname "${THEPATH}"))
关于bash - 如何获取用于 SLURM 作业的脚本的原始位置?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/56962129/
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