在R中 reshape 数据框

Question

这个问题在这里已经有了答案:





How to reshape data from long to wide format

(12 个回答)


4年前关闭。




我在 reshape 大型数据框时遇到了困难。而且我过去相对幸运地避免了 reshape 问题，这也意味着我在这方面很糟糕。

我当前的数据框看起来像这样:

unique_id    seq   response    detailed.name    treatment 
a            N1     123.23     descr. of N1     T1
a            N2     231.12     descr. of N2     T1
a            N3     231.23     descr. of N3     T1
...
b            N1     343.23     descr. of N1     T2
b            N2     281.13     descr. of N2     T2
b            N3     901.23     descr. of N3     T2
...

我想:

seq    detailed.name   T1           T2
N1     descr. of N1    123.23       343.23
N2     descr. of N2    231.12       281.13
N3     descr. of N3    231.23       901.23

我查看了 reshape 包，但我不确定如何将处理因子转换为单独的列名。

谢谢!

编辑:我尝试在我的本地机器(4GB 双核 iMac 3.06Ghz)上运行它，但它一直失败:

> d.tmp.2 <- cast(d.tmp, `SEQ_ID` + `GENE_INFO` ~ treatments)
Aggregation requires fun.aggregate: length used as default
R(5751) malloc: *** mmap(size=647168) failed (error code=12)
*** error: can't allocate region
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug

当我有机会时，我会尝试在我们的一台更大的机器上运行它。

Answer 1

reshape 对我来说也总是很棘手，但它似乎总是通过一些试验和错误来工作。这是我最终发现的:

> x
  unique_id seq response detailed.name treatment
1         a  N1   123.23           dN1        T1
2         a  N2   231.12           dN2        T1
3         a  N3   231.23           dN3        T1
4         b  N1   343.23           dN1        T2
5         b  N2   281.13           dN2        T2
6         b  N3   901.23           dN3        T2

> x2 <- melt(x, c("seq", "detailed.name", "treatment"), "response")
> x2
  seq detailed.name treatment variable  value
1  N1           dN1        T1 response 123.23
2  N2           dN2        T1 response 231.12
3  N3           dN3        T1 response 231.23
4  N1           dN1        T2 response 343.23
5  N2           dN2        T2 response 281.13
6  N3           dN3        T2 response 901.23

> cast(x2, seq + detailed.name ~ treatment)
  seq detailed.name     T1     T2
1  N1           dN1 123.23 343.23
2  N2           dN2 231.12 281.13
3  N3           dN3 231.23 901.23

您的原始数据已经是长格式，但不是 melt/cast 使用的长格式。所以我重新融化了它。第二个参数(id.vars)是不要融化的东西的列表。第三个参数(measure.vars)是变化的事物的列表。

然后， Actor 使用一个公式。波浪号左边是保持原样的东西，波浪号右边是用于调节值列的列。

或多或少...!