r - R中的掩蔽方法

Question

This question尤其是 this answer提出了以下问题:如何获得有关 R 中方法屏蔽的警告？

如果您在干净的 R session 中运行以下代码，您会注意到加载 dplyr更改 lag 的默认方法.

lag(1:3, 1)
## [1] 1 2 3
## attr(,"tsp")
## [1] 0 2 1
require(dplyr)
lag(1:3, 1)
## [1] NA  1  2

如果附上包裹 dplyr ，您会收到几个蒙面对象的警告，但没有关于 lag 的默认方法的警告被蒙面。原因是在调用 lag 时，来自 stats 的通用函数包被调用。

lag
## function (x, ...) 
## UseMethod("lag")
## <bytecode: 0x000000000c072188>
## <environment: namespace:stats>

和 methods(lag)只是告诉我有一个方法 lag.default .我可以看到有两种方法使用 getAnywhere :

getAnywhere(lag.default)
## 2 differing objects matching ‘lag.default’ were found
## in the following places
## registered S3 method for lag from namespace dplyr
## namespace:dplyr
## namespace:stats
## Use [] to view one of them

但这要求我知道是否检查默认 lag方法由 dplyr 更改.有没有办法检查方法是否被屏蔽？也许有这样的功能:

checkMethodMasking(dplyr)
## The following methods are masked from 'package:dplyr':
##    lag.default

注意:加载 dplyr 时有警告是不够的与 require(dplyr) .如果我只加载命名空间而不附加包(例如，我调用 dplyr::mutate ，或者甚至我使用另一个包中的函数调用使用 dplyr 导入的函数的 importFrom 函数)，该方法也会过载。

Answer 1

更新 现在 github 上有一个 R 包试图解决这些问题。它仍然远不是一个理想的解决方案，但它对解决问题有一定的帮助。目前有功能require , library和 warnS3Methods .

devtools::install_github("blasern/warnS3")
require(warnS3)

# Examples
require2(dplyr)
## Loading required package: dplyr
##
## Attaching package: ‘dplyr’
##
## The following object is masked from ‘package:stats’:
##  
##  filter
##
## The following objects are masked from ‘package:base’:
##   
##  intersect, setdiff, setequal, union
## 
## The following methods are masked by 'package:dplyr':
##  
##  'lag.default' from 'package:stats'

require2(roxygen2)
## Loading required package: roxygen2
## The following methods are masked by 'package:roxygen2':
##  
##  'escape.character' from 'package:dplyr'

warnS3Methods()
## The following methods are available in multiple packages: 
##  
##  'escape.character' in packages: dplyr, roxygen2
##  'lag.default' in packages: dplyr, stats

这只是一个关于如何找到掩码 S3 方法的想法。这绝不是一个完美的解决方案，但我想在有人想出一个更好的主意之前，它至少会有助于调试。

#' Get all S3 methods from a package
#' 
#' Find all S3 methods from a package
#' 
#' @param pkg can be either the name of an installed package
#' or the path of a package
getPkgS3Methods <- function(pkg){
  if (basename(pkg) == pkg) pkg <- path.package(pkg)
  ns <- parseNamespaceFile(basename(pkg), 
                           dirname(pkg), 
                           mustExist = FALSE)
  if (length(ns$S3methods) == 0) return(NULL)
  df <- cbind.data.frame(basename(pkg), ns$S3methods)
  colnames(df) <- c("package", "method", "class", "other")
  df
}

#' Get masked S3 methods
#' 
#' Finds all S3 methods that are currently available that are
#' duplicated
getMaskedS3Methods <- function(){
  paths <- as.character(gtools::loadedPackages(silent = TRUE)[, "Path"])
  lst <- lapply(paths, getPkgS3Methods)
  all_methods <- do.call(rbind, lst)
  duplicates <- 
  duplicated(all_methods[, c("method", "class")]) |
    duplicated(all_methods[, c("method", "class")], fromLast = TRUE)
  res <- all_methods[duplicates, ]
  res[order(res$method, res$class, res$package), ]
}

从干净的工作区调用(使用上述函数，但未加载包)，然后您可以观察以下内容:

getMaskedS3Methods()
## [1] package method  class   other  
## <0 rows> (or 0-length row.names)

require(dplyr)
getMaskedS3Methods()
## package method   class other
## 143   dplyr    lag default  <NA>
## 438   stats    lag default  <NA>

这只是告诉你这里有两个 lag.default方法。它实际上并没有告诉你，哪个掩盖了另一个。它只是指出潜在的问题。