r - 某些 R 包不会使用 update.packages() 进行更新

Question

选择 Packages->Update packages...给:

> update.packages(ask='graphics',checkBuilt=TRUE)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Warning: package 'foreign' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'lattice' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'Matrix' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'mgcv' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'nlme' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated
Warning: package 'rpart' in library 'C:/Program Files/R/R-3.0.2/library' will not be updated

我在“以管理员身份”启动菜单中运行了 R 快捷方式并得到了相同的结果。

R 版本是 3.0.2。

Answer 1

问题的一般重述

在 Windows 7/8 中，包 nicePack包含在基本安装中，已过时。

你用 update.packages() 更新它或通过等效的 GUI 菜单。

你得到:Warning: package 'nicePack' in library 'C:/Program Files/R/R-3.*.*/library" will not be updated

潜在原因

R 对 Windows 不太友好，所以它只是说“不会更新”，而不是“拒绝 C:/Program Files/R/... 的权限”。无论如何，您意识到 R 无法写入 C:/Program Files并以管理员身份重新启动并升级，但问题仍然存在!

如果查看R可以写的个人包目录，可以看到 nicePack的更新版本在那儿。在 Windows 中，目录通常是 ~\R\win-library\x.y或通过 Sys.getenv("R_LIBS_USER") 找到它.

大概是第一次R，无法写入R默认目录，使用了个人目录，所以 nicePack有两个版本.第二次，尽管有 admin 权限，R 在个人目录中找到更新的包版本并且它没有更新默认目录。

可能是 R 说的是“警告”而不是“错误”，因为该包安装在个人目录中，但过时的版本仍保留在默认库中。

解决方案

删除 nicePack个人库目录下的package目录，以管理员身份重启，再次更新。

意见

我不知道这种行为是否存在实际错误，无论如何，提供更多信息的消息肯定会帮助 Windows 用户。

也许在 Windows 中应该避免使用默认库，而应该使用个人库。许多 Windows 应用程序使用 C:\ProgramData或 ~\AppData\Local , 无需特殊权限即可写入。