python - 用python中字符串中的索引替换字符列表

Question

我有一个坐标列表:

coordinates = [[1,5], [10,15], [25, 35]]

我有一个字符串如下:

line = 'ATCACGTGTGTGTACACGTACGTGTGNGTNGTTGAGTGKWSGTGAAAAAKCT'

我想替换 coordinates 中成对指示的间隔作为开始和结束字符 'N' .
我能想到的唯一方法如下:

for element in coordinates:
    length = element[1] - element[0]
    line = line.replace(line[element[0]:element[1]], 'N'*length)

所需的输出是:

line = 'ANNNNGTGTGNNNNNACGTACGTGTNNNNNNNNNNGTGKWSGTGAAAAAKCT'

其中区间 [1,5), [10,15) 和 [25, 35) 被替换为 N在 line .
这要求我每次都遍历坐标列表并更新我的字符串行。我想知道是否有另一种方法可以替换字符串中的间隔列表？
注:本题原解有问题。在 line.replace(line[element[0]:element[1]], 'N'*length) , replace将替换与 line[element[0]:element[1]] 中相同的所有其他字符串实例从序列和 DNA 工作人员来说，这绝对不是你想要的!但是，我保留解决方案，因为它不会干扰后续评论和讨论的流程。

Answer 1

而不是字符串连接(由于创建/销毁字符串实例而浪费)，使用列表:

coordinates = [[1,5], [10,15], [25, 35]] # sorted

line = 'ATCACGTGTGTGTACACGTACGTGTGNGTNGTTGAGTGKWSGTGAAAAAKCT'

result = list(line)
# opted for exclusive end pos
for r in [range(start,end) for start,end in coordinates]:
    for p in r:
        result[p]='N'

res = ''.join(result)
print(res)

要得到:

ANNNNGTGTGNNNNNACGTACGTGTNNNNNNNNNNGTGKWSGTGAAAAAKCT

优化使用切片和独家 end :

for start,end in coordinates:
    result[start:end] = ["N"]*(end-start)

res = ''.join(result)
print(line)
print(res)

给你你想要的输出:

ATCACGTGTGTGTACACGTACGTGTGNGTNGTTGAGTGKWSGTGAAAAAKCT 
ANNNNGTGTGNNNNNACGTACGTGTNNNNNNNNNNGTGKWSGTGAAAAAKCT