r - 在命令行 (shell/bash) : what to do when column names contain tilde (~) 中将参数传递给 R 脚本

Question

我正在使用 Rscript通过 bash 运行 R 脚本，我想指定要传递给脚本本身内函数的参数。具体来说，我想传递指定的参数:

数据文件的路径( .csv )和

该数据文件中的某些列名称。

当列名包含波浪号 ( ~ ) 时，我遇到了问题。我试过用反引号包裹列名，但仍然不成功。
例子
我想编写一个脚本来接收 .csv 中的数据文件格式化并根据用户的选择为一个变量绘制直方图。
这是我的功能:

plot_histogram <- function(path_to_input, x_var) {
  
  data_raw <- read.csv(file = path_to_input)
  
  path_to_output_folder <- dirname(path_to_input)
  
  png(filename = paste0(path_to_output_folder, "/", "output_plot.png"))
  
  hist(as.numeric(na.omit(data_raw[[x_var]])), main = "histogram", xlab = "my_var")
  
  replicate(dev.off(), n = 20)
}

让我们在一些假数据上运行它

set.seed(123)
df <- data.frame(age = sample(20:80, size = 100, replace = TRUE))

write.csv(df, "some_age_data.csv")

plot_histogram(path_to_input = "some_age_data.csv",
               x_var = "age")

正如预期的那样，我得到了一个 .png与情节的文件，保存到 .csv所在的同一目录中在

现在自定义要从命令行运行的 R 脚本
plot_histogram.R

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

## same function as above
plot_histogram <- function(path_to_input, x_var) {
  
  data_raw <- read.csv(file = path_to_input)
  path_to_output_folder <- dirname(path_to_input)
  png(filename = paste0(path_to_output_folder, "/", "output_plot.png"))
  hist(as.numeric(na.omit(data_raw[[x_var]])), main = "histogram", xlab = "my_var")
  replicate(dev.off(), n = 20)
}

plot_histogram(path_to_input = args[1], x_var = args[2])

然后使用 Rscript 通过命令行运行

$ Rscript --vanilla plot_histogram.R /../../../some_age_data.csv "age"

也有效!
但是，如果列名包含波浪号，事情就会中断
第 1 步:创建假数据

library(tibble)

set.seed(123)
df <- tibble(`age-blah~value` = sample(20:80, size = 100, replace = T))

write.csv(df, "some_age_data.csv")

第 2 步:使用 Rscript :

$ Rscript --vanilla plot_histogram.R /../../../some_age_data.csv "age-blah~value"

Error in hist.default(as.numeric(na.omit(data_raw[[x_var]])), main ="histogram", : invalid number of 'breaks' Calls: plot_histogram -> hist -> hist.default Execution halted

底线
使用时 Rscript ，如何传递指定包含波浪号的列名的参数？或者，我该如何解决 .csv在 Rscript 的框架内，列名中具有这种波浪号格式的文件?
谢谢!

Answer 1

您正在成功传递一个参数，该参数指定包含波浪号的列名。然而，read.csv已“固定”列名，因此它实际上不包含波浪号。read.csv正在默默地将列名转换为 age.blah.value .使用 check.names = FALSE使其成为age-blah~value .

data_raw <- read.csv(file = path_to_input, check.names = FALSE)