r - Sweave 诉 Knitr 诉 Rmarkdown : code chunk headers

Question

我试图理解 rmarkdown 之间的关系, sweave和 knitr .查看代码和示例我遇到了两种类型的代码头，我不明白它们属于什么语言/包。

标题是

```{}
```

和

<<>>=
@

它们之间有什么区别？

他们与 rmarkdown 有什么关系？ , sweave和 knitr ?

如果我在 .rnw 上工作，我用的是哪一个？

Answer 1

sweave 和 rmarkdown 都提供了为 R、python 和其他编程语言运行任意代码的能力。每种方法的优缺点各不相同，但可以快速比较:
R Markdown :

典型的文件扩展名:.rmd (case-insens)，也许 .rmarkdown

支持 R、python 和 several other languages

输出到 HTML、docx、LaTeX(以及 PDF)和 several other output formats

使用三重反引号进行块划分

  Regular text.

  ```{r chunkname, chunkoptions, ...}
  a <- 1
  ```

  ```{python pychunk, chunkoptions, ...}
      def myfun(v: list) -> list:
      """
      Something important in this docstring.
      """
      return [a+1 for a in v]
  ```

  More regular text.

因为是基于markdown的，所以在交叉引用、table-control等方面有一定的限制；其中许多都有软件包和已知的缓解技术(太多了，无法在此列出)。但是，您可以在 Markdown 中直接使用 LaTeX 格式，因此输出到 PDF 也可以享受这种控制(尽管 LaTeX 代码不会转换为其他输出格式)。

编织:

典型的文件扩展名包括 .rnw (case-insens) 我见过 .noweb (对此不完全确定......)

支持 R 语言，如果您可以通过 R 访问它们，也可能支持其他语言(例如通过 reticulate )

输出到 LaTeX 和 PDF

用途 <<>>=和 @对于块划分:

  Regular text.

  <<chunkname, chunkoptions, ...>>=
  a <- 1
  @

  More regular text.

因为它直接基于 LaTeX，所以您可以尽可能多地控制格式、交叉引用等

knitr

处理 sweave 的文件和 rmarkdown格式

可能需要一些编织预处理(例如，使用 Sweave2knitr )，引用:https://yihui.name/knitr/demo/sweave/

rationale for knitr是
《解决Sweave中一些长期存在的问题，将其他附加包中的功能合并到一个包中(knitr≈Sweave+cacheSweave+pgfSweave+weaver+animation::saveLatex+R2HTML::RweaveHTML+highlight::HighlightWeaveLatex+0.2* brew + 0.1 * SweaveListingUtils + 更多)。”