r - 无法使用 R 中的 read.table 或 read.csv 读取带有 "#"和空间的文件

Question

我有一个文件，其中第一行是标题。标题可以有空格和 # 符号(也可能有其他特殊字符)。我正在尝试使用 read.csv 或 read.table 读取此文件，但它不断抛出错误:

undefined columns selected 

more columns than column names 

我的制表符分隔的 chromFile 文件如下所示:

Chromosome# Chr chr Size    UCSC NCBI36/hg18    NCBIBuild36 NCBIBuild37
1   Chr1    chr1    247199719   247249719   247249719   249250621
2   Chr2    chr2    242751149   242951149   242951149   243199373

命令:

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep="\t",skip =0, header = TRUE,  )

我想首先寻找一种方法来读取文件，因为它不需要用其他一些可读符号替换空格或#。

Answer 1

从文档( ?read.csv ):

comment.char character: a character vector of length one containing a single character or an empty string. Use "" to turn off the interpretation of comments altogether.

默认为 comment.char = "#"这给你带来了麻烦。按照文档，您应该使用 comment.char = "" .

标题中的空格是另一个问题，正如 mrdwab 所指出的，可以通过设置 check.names = FALSE 来解决。 .

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep = "\t", skip = 0, header = TRUE,
                        comment.char = "", check.names = FALSE)