r - 制作三元图

Question

我想使用 ggplot2 在他们的单纯形上绘制 3 维数据的投影。我以为我可以使用 coord_trans() 管理笛卡尔坐标的转换，但不知 Prop 体怎么做。

这是我尝试过的:

simplex.y  <- function( x1, x2, x3 ) {
  return( sqrt(0.75) *  x3 / (x1+x2+x3) )
} 
simplex.x  <- function( x1, x2, x3 ) {
  return( (x2 + 0.5 * x3) / (x1+x2+x3) )
}

x  <- data.frame(
  x1 = c( 0, 0, 1, 0.1, 0.6, 0.2 ),
  x2 = c( 0, 1, 0, 0.3, 0.2, 0.8 ),
  x3 = c( 1, 0, 0, 0.6, 0.2, 0.0 )
)

require(ggplot2)
ggplot( data = x, aes( x = c(x1, x2, x3), y = c(x1, x2, x3)) ) +
  geom_point() +
  coord_trans( x="simplex.x", y="simplex.y" )

任何建议表示赞赏。非常感谢!

Answer 1

coord_trans不会做你认为它会做的事情。它将转换已经是 2D 的绘图的 x 和 y 坐标，但您有 3D 数据。

只需自己转换数据，然后绘制它:

simplex.y  <- function(x) {
  return( sqrt(0.75) *  x[3] / sum(x) )
} 
simplex.x  <- function(x) {
  return( (x[2] + 0.5 * x[3]) / sum(x) )
}

x  <- data.frame(
  x1 = c( 0, 0, 1, 0.1, 0.6, 0.2 ),
  x2 = c( 0, 1, 0, 0.3, 0.2, 0.8 ),
  x3 = c( 1, 0, 0, 0.6, 0.2, 0.0 )
)

newDat <- data.frame(x = apply(x,1,simplex.x),
                y = apply(x,1,simplex.y))

ggplot(newDat,aes(x = x,y = y)) + 
    geom_point()

请注意，我重新编写了您的转换函数，使其更像 R。另外，你不应该传递像 x = c(x1,x2,x3) 这样的表达式。内部 aes() .您将数据框中的单个变量映射到单个美学。