r - 使用多线程在R中运行Shell脚本

Question

This question already has answers here:

R system() process always uses same CPU, not multi-threaded/multi-core

(2个答案)


3年前关闭。




我想使用命令system()在R中运行Shell脚本(NCBI中的BLAST +)，但是即使我在Shell脚本中设置了多个线程，它似乎也仅使用一个线程。在这种情况下，我应该怎么做才能使用多个线程？

该代码是 system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv")
如何在R中使用16个内核来运行此程序？谢谢!

最佳答案

与并行:

library(parallel)
ncore = 4

syscall = system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv")
mclapply(1:ncore,syscall,mc.cores=ncore)

关于r - 使用多线程在R中运行Shell脚本，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/46203302/

上一篇：multithreading - 如何使sed与多行模式匹配

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Answer 1

与并行:

library(parallel)
ncore = 4

syscall = system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv")
mclapply(1:ncore,syscall,mc.cores=ncore)