r - 如何设置安装了 conda 的 R 以与 RStudio 一起使用？

Question

我一直在尝试设置我的 R使用 conda (最终与 Beaker Notebook 一起使用)并且我希望能够使用 RStudio使用我的 conda 安装版本的 R .

我的安装方法R :

conda install -c r r
conda install -c r r-essentials
conda install -c r r-rserve
conda install -c r r-devtools
conda install -c r r-rcurl
conda install -c r r-RJSONIO
conda install -c r r-jpeg
conda install -c r r-png
conda install -c r r-roxygen2
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger

我运行了那个版本的 R(我只安装了这个版本)

> version
               _                           
platform       x86_64-apple-darwin11.0.0   
arch           x86_64                      
os             darwin11.0.0                
system         x86_64, darwin11.0.0        
status                                     
major          3                           
minor          3.1                         
year           2016                        
month          06                          
day            21                          
svn rev        70800                       
language       R                           
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
nickname       Bug in Your Hair   

运行 R在 Jupyter有点 buggy 。例如，当它输出错误时，它输出到 stdout。并用换行符分割字符串中的每个字符。我想使用 RStudio但我不想安装 R 的另一个版本.

如何路由我的 R 的 conda 版本进入 RStudio？

这是我的 .bash_profile不确定这是否有用:

$ cat ~/.bash_profile
# added by Anaconda3 4.0.0 installer
export PATH="/Users/jespinoz/anaconda/bin:$PATH"

export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

我一直在尝试遵循这些教程，但我迷路了。我真的不太熟悉环境变量之类的东西。

(1) https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/207830688-Using-RStudio-with-conda

(2) Launch mac eclipse with environment variables set

当我寻找我的 R它指示我:

$ which R
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R

但是(1)中的指示正在使用这条非常令人困惑的路径:

/Users/jespinoz/anaconda/lib/R/bin/R

我尝试做这个人所做的并将其添加到我的 .bash_profile但它没有用。我什至做了一个 .bashrc但它仍然没有工作(我 sourced 在我添加了这些行之后)
export RSTUDIO_WHICH_R=/Users/jespinoz/anaconda/bin/R
How to tell RStudio to use R version from Anaconda

不幸的是， anaconda https://docs.continuum.io/anaconda/ide_integration 中没有这方面的教程

Answer 1

从激活的 Conda 环境启动 RStudio
至少对于 Mac OS X，我发现在 shell session 中激活环境就足够了，然后启动 RStudio。

$ conda activate my_r_env
$ /Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/RStudio

在 R 中，可以验证 R.home() 的值和 .libPaths()指向特定于环境的位置。
这里的优点是您不会固定在环境变量中最后设置的任何内容，例如，通过 .bash_profile .相反，可以拥有许多基于 R 的环境并在它们之间切换(或同时运行多个环境)，而不会篡改全局设置。
为方便起见建议的别名
也许我推荐的唯一全局设置是为 rstudio 添加别名。给您的 .bash_profile所以你不必每次都输入完整的路径，比如

alias rstudio='/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/RStudio &'

这使一个人能够做到

$ conda activate my_r_env
$ rstudio
$

&使人们能够继续使用 shell，或者关闭它，而不影响 RStudio 实例。