r - R 中各列的平均值，不包括 NA

Question

我无法想象我是第一个提出这个问题的人，但我还没有找到解决方案(在这里或其他地方)。

我有几列，我想在 R 中取平均值。唯一最棘手的方面是有些列包含 NA。

例如:

Trait Col1 Col2 Col3
DF    23   NA   23
DG    2    2    2
DH    NA   9    9

我想创建一个 Col4 来平均前 3 列中的条目，忽略 NA。
所以:

 Trait Col1 Col2 Col3 Col4
 DF    23   NA   23   23
 DG    2    2    2    2
 DH    NA   9    9    9 

理想情况下，这样的事情会起作用:

data$Col4 <- mean(data$Chr1, data$Chr2, data$Chr3, na.rm=TRUE)

但事实并非如此。

Answer 1

你要rowMeans()但重要的是要注意它有一个 na.rm要设置为 TRUE 的参数.例如。:

> mat <- matrix(c(23,2,NA,NA,2,9,23,2,9), ncol = 3)
> mat
     [,1] [,2] [,3]
[1,]   23   NA   23
[2,]    2    2    2
[3,]   NA    9    9
> rowMeans(mat)
[1] NA  2 NA
> rowMeans(mat, na.rm = TRUE)
[1] 23  2  9

要匹配您的示例:

> dat <- data.frame(Trait = c("DF","DG","DH"), mat)
> names(dat) <- c("Trait", paste0("Col", 1:3))
> dat
  Trait Col1 Col2 Col3
1    DF   23   NA   23
2    DG    2    2    2
3    DH   NA    9    9
> dat <- transform(dat, Col4 = rowMeans(dat[,-1], na.rm = TRUE))
> dat
  Trait Col1 Col2 Col3 Col4
1    DF   23   NA   23   23
2    DG    2    2    2    2
3    DH   NA    9    9    9