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使用 ipython 笔记本,pandas 数据框有 4 列:numerator1、numerator2、denominator1 和 denominator2。
在不遍历每条记录的情况下,我试图创建名为 FishersExact 的第五列。我希望列的值存储 scipy.stats.fisher_exact 返回的元组使用四列中每一列的值(或值的某些派生)作为我的输入。
df['FishersExact'] = scipy.stats.fisher_exact( [[df.numerator1, df.numerator2],
[df.denominator1 - df.numerator1 , df.denominator2 - df.numerator2]])
返回:
/home/kevin/anaconda/lib/python2.7/site-packages/scipy/stats/stats.pyc in fisher_exact(table, alternative)
2544 c = np.asarray(table, dtype=np.int64) # int32 is not enough for the algorithm
2545 if not c.shape == (2, 2):
-> 2546 raise ValueError("The input `table` must be of shape (2, 2).")
2547
2548 if np.any(c < 0):
ValueError: The input `table` must be of shape (2, 2).
当我只索引数据框的第一条记录时:
odds,pval = scipy.stats.fisher_exact([[df.numerator1[0], df.numerator2[0]],
[df.denominator1[0] - df.numerator1[0], df.denominator2[0] -df.numerator2[0]]])
这是返回:
1.1825710754 0.581151431104
我本质上是在尝试模拟类似于以下的算术功能:
df['freqnum1denom1'] = df.numerator1 / df.denominator1
它返回添加到数据框的新列,其中每个记录的频率都在新列中。
可能遗漏了一些东西,任何方向将不胜感激,谢谢!
最佳答案
看起来您正在构建一个 pandas
系列矩阵,并将其传递给函数。该函数需要一个标量矩阵;你可以多次调用它。这两件事并不完全相同。
(至少)有两种方法可以到达这里。
使用应用
你可以使用 pandas
的 apply
为此。
df['FishersExact'] = df.apply(
lambda r: scipy.stats.fisher_exact([[r.numerator1, ... ]]),
axis=1)
注意以下几点:
axis=1
对每一行应用一个函数。
在 lambda
中,r.numerator
是一个标量。
回归基础
Fischer's exact test可以描述为原始列中的向量化操作,应该会快很多。要最大程度地提高速度,您需要使用阶乘的矢量化版本(我不知道)。这甚至可以是一个单独的(很好!)SO 问题。
关于pandas - Fisher's Exact in scipy 作为使用 pandas 的新专栏,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/30309416/
pandas.crosstab 和 Pandas 数据透视表似乎都提供了完全相同的功能。有什么不同吗? 最佳答案 pivot_table没有 normalize争论,不幸的是。 在 crosstab
我能找到的最接近的答案似乎太复杂:How I can create an interval column in pandas? 如果我有一个如下所示的 pandas 数据框: +-------+ |
这是我用来将某一行的一列值移动到同一行的另一列的当前代码: #Move 2014/15 column ValB to column ValA df.loc[(df.Survey_year == 201
我有一个以下格式的 Pandas 数据框: df = pd.DataFrame({'a' : [0,1,2,3,4,5,6], 'b' : [-0.5, 0.0, 1.0, 1.2, 1.4,
所以我有这两个数据框,我想得到一个新的数据框,它由两个数据框的行的克罗内克积组成。正确的做法是什么? 举个例子:数据框1 c1 c2 0 10 100 1 11 110 2 12
TL;DR:在 pandas 中,如何绘制条形图以使其 x 轴刻度标签看起来像折线图? 我制作了一个间隔均匀的时间序列(每天一个项目),并且可以像这样很好地绘制它: intensity[350:450
我有以下两个时间列,“Time1”和“Time2”。我必须计算 Pandas 中的“差异”列,即 (Time2-Time1): Time1 Time2
从这个 df 去的正确方法是什么: >>> df=pd.DataFrame({'a':['jeff','bob','jill'], 'b':['bob','jeff','mike']}) >>> df
我想按周从 Pandas 框架中的列中累积计算唯一值。例如,假设我有这样的数据: df = pd.DataFrame({'user_id':[1,1,1,2,2,2],'week':[1,1,2,1,
数据透视表的表示形式看起来不像我在寻找的东西,更具体地说,结果行的顺序。 我不知道如何以正确的方式进行更改。 df示例: test_df = pd.DataFrame({'name':['name_1
我有一个数据框,如下所示。 Category Actual Predicted 1 1 1 1 0
我有一个 df,如下所示。 df: ID open_date limit 1 2020-06-03 100 1 2020-06-23 500
我有一个 df ,其中包含与唯一值关联的各种字符串。对于这些唯一值,我想删除不等于单独列表的行,最后一行除外。 下面使用 Label 中的各种字符串值与 Item 相关联.所以对于每个唯一的 Item
考虑以下具有相同名称的列的数据框(显然,这确实发生了,目前我有一个像这样的数据集!:() >>> df = pd.DataFrame({"a":range(10,15),"b":range(5,10)
我在 Pandas 中有一个 DF,它看起来像: Letters Numbers A 1 A 3 A 2 A 1 B 1 B 2
如何减去两列之间的时间并将其转换为分钟 Date Time Ordered Time Delivered 0 1/11/19 9:25:00 am 10:58:00 am
我试图理解 pandas 中的下/上百分位数计算,但有点困惑。这是它的示例代码和输出。 test = pd.Series([7, 15, 36, 39, 40, 41]) test.describe(
我有一个多索引数据框,如下所示: TQ bought HT Detailed Instru
我需要从包含值“低”,“中”或“高”的数据框列创建直方图。当我尝试执行通常的df.column.hist()时,出现以下错误。 ex3.Severity.value_counts() Out[85]:
我试图根据另一列的长度对一列进行子串,但结果集是 NaN .我究竟做错了什么? import pandas as pd df = pd.DataFrame([['abcdefghi','xyz'],
我是一名优秀的程序员,十分优秀!