r - 将 R 与 git 和 packrat 一起使用

Question

我使用 git 已经有一段时间了，但最近才开始使用 packrat。我希望我的存储库是自包含的，但同时我不想包含 CRAN 包，因为它们是可用的。似乎一旦在带有 packrat 的项目中打开 R，它就会尝试使用项目库中的包；如果它们不可用，那么它将尝试从项目库中的 src 安装；如果它们不可用，它将查看该计算机中安装的库。如果计算机中没有可用的库；接下来会看 CRAN 吗？

我的 git 存储库中至少应该包含哪些文件(例如 packrat.lock)？

Answer 1

您可以选择使用您希望项目可用的包的源 tarball 及其版本设置一个类似 CRAN 的外部存储库。但是，默认行为是接下来查看 CRAN，正如您在问题中所确定的那样。查看 packrat.lock 文件，您会看到对于您在 packrat 中使用的每个包，都有一个名为 source: CRAN 的选项。 (如果您已经从 CRAN 下载了文件，那就是)。

当您有本地存储的包源文件时，该包的锁定内容将更改为以下内容:
Package: FooPackage
Source: source
Version: 0.4-4
Hash: 44foo4036fb68e9foo9027048d28
SourcePath: /Users/MyName/Documents/code/myrepo/RNetica

我对你的最后一个问题有点不清楚:What files should I include in my git repo as a minimum (e.g., packrat.lock)?但我将把它作为 a) 应该存在哪些文件供 packrat 运行的组合，以及 b) 这些文件中的哪些应该提交到 git-repo。为了回答第一个问题，我在现有 R 项目上初始化 Packrat 进行说明。

当你运行 packrat::init() ，发生了两件重要的事情(除其他外):
1.所有的packrat脚手架，包括源tarballs等都创建在:PackageName/packrat/ .
2. packrat/lib*/已添加到您的 .gitignore 文件中。

所以从这里，我们可以看到 packrat/lib*/ 下的任何内容不需要致力于您的 git-repo。这留下了以下 3 个要提交的文件:

packrat/init.R

packrat/packrat.lock

packrat/packrat.opts

packrat.lock需要通过版本控制系统与他人协作；它有助于使您的私有(private)图书馆保持同步。 packrat.opts允许您为 Packrat 指定不同的项目特定选项。该文件是使用 get_opts 自动生成的。和 set_opts .将此文件提交到 git-repo 将确保为所有协作者维护您指定的任何选项。要提交到 repo 的最终文件是 .Rprofile .该文件告诉 R 使用私有(private)包库(当 R 从项目目录启动时)。

根据您的需要，您可以选择是否将源 tar 包提交到存储库。如果您不希望它们在您的 git-repo 中可用，您只需添加 packrat/src/到.gitignore。但是，这将意味着任何访问 git-repo 的人都无法访问包源代码，并且文件将从 CRAN 下载，或者从源代码行在 packrat.lock 中指定的任何位置下载。文件。

从您的问题来看，这听起来像是提交 packrat/src/存储库的文件夹内容可能是您需要的。