r - 是否可以将na.rm全局设置为TRUE？

Question

对于max之类的命令，默认情况下将na.rm选项设置为FALSE。我知道这通常是个好主意，但我想暂时将其关闭-也就是在 session 期间。

每当有选项时，我如何要求R设置na.rm = TRUE？我发现

options(na.action = na.omit)

但这不起作用。我知道我可以为我编写的每个函数设置 na.rm=TRUE选项。

my.max <- function(x) {max(x, na.rm=TRUE)}

但这不是我想要的。我想知道是否可以在全局/通用范围内做更多的事情，而不是对每个功能都做些。

Answer 1

一种解决方法(危险)是执行以下操作:

列出所有以na.rm作为参数的函数。在这里，我将搜索范围限制在基本包中。

获取每个函数，并在其主体的开头添加以下行:na.rm = TRUE

将函数分配回基本软件包。

因此，首先我将所有以 na.rm作为参数的函数存储在列表(ll)中:

uses_arg <- function(x,arg) 
  is.function(fx <- get(x)) && 
  arg %in% names(formals(fx))
basevals <- ls(pos="package:base")      
na.rm.f <- basevals[sapply(basevals,uses_arg,'na.rm')]

编辑更好的方法来获取所有na.rm的参数函数(感谢mnel注释)

Funs <- Filter(is.function,sapply(ls(baseenv()),get,baseenv()))
na.rm.f <- names(Filter(function(x) any(names(formals(args(x)))%in% 'na.rm'),Funs))

因此 na.rm.f列表如下所示:

 [1] "all"                     "any"                     "colMeans"                "colSums"                
 [5] "is.unsorted"             "max"                     "mean.default"            "min"                    
 [9] "pmax"                    "pmax.int"                "pmin"                    "pmin.int"               
[13] "prod"                    "range"                   "range.default"           "rowMeans"               
[17] "rowsum.data.frame"       "rowsum.default"          "rowSums"                 "sum"                    
[21] "Summary.data.frame"      "Summary.Date"            "Summary.difftime"        "Summary.factor"         
[25] "Summary.numeric_version" "Summary.ordered"         "Summary.POSIXct"         "Summary.POSIXlt" 

然后，对于我更改主体的每个函数，该代码都是从 data.table包(常见问题解答2.23)中获得的，该包在 rbind.data.frame和 cbind.data.frame的开头添加了一行。

ll <- lapply(na.rm.f,function(x)
  {
  tt <- get(x)
  ss = body(tt)
  if (class(ss)!="{") ss = as.call(c(as.name("{"), ss))
  if(length(ss) < 2) print(x)
  else{
    if (!length(grep("na.rm = TRUE",ss[[2]],fixed=TRUE))) {
      ss = ss[c(1,NA,2:length(ss))]
      ss[[2]] = parse(text="na.rm = TRUE")[[1]]
      body(tt)=ss
      (unlockBinding)(x,baseenv())
      assign(x,tt,envir=asNamespace("base"),inherits=FALSE)
      lockBinding(x,baseenv())
      }
    }
  })

如果您选择否，则为列表中每个功能的第一行:

unique(lapply(na.rm.f,function(x) body(get(x))[[2]]))
[[1]]
na.rm = TRUE