r - 如何将对称矩阵转换为 "dist"对象？

Question

我想用hclust对数据进行聚类。但我不想使用“dist()”来生成dist对象。然后我发现我不能将对称矩阵作为距离矩阵传递给 hclust .

如何将对称矩阵转换为“dist”对象？

Answer 1

听起来您已经计算了一个矩阵，并希望在 hclust 中使用它。就像@shadow 说的，你可以使用 as.dist(yourMatrix)转换为dist格式。

给定一个对称的距离表:

> yourMatrix<-matrix(c(1,2,3,4,2,1,2,1,3,2,1,3,4,1,3,1), nrow=4)
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    1    2    3    4
[2,]    2    1    2    1
[3,]    3    2    1    3
[4,]    4    1    3    1
>
>as.dist(yourMatrix)
  1 2 3
2 2    
3 3 2  
4 4 1 3

确保矩阵中的值是相异性或距离度量而不是相似性分数。