r - 使用 pheatmap 时裁剪的列标签

Question

我正在使用 绘制热图pheatmap (Documentation)。我正在以一种相当简单的方式绘制一个矩阵:

pheatmap(mat, annotation_col=df, labels_col=rld$Infection_Line, fontsize_row=5, fontsize_col=7) 

我的情节的底部被切断了，所以我看不到底部的列名。它看起来像这样:



请注意，这不是 heatmap.2。

我已经尝试了 this question 的解决方案在 this question ，以及我可以通过谷歌和此功能的文档找到的其他内容。

我尝试使用 par() 和 oma() 以及 cexRow 来增加边距。

margins=(x,y); par(mar=c(1,2,3,4)); par(oma=c(1,2,3,4))  

对剧情没有影响。

我需要这样做，以便在不减小绘图大小的情况下看到这些长列名。我只想拉伸(stretch)底部的边距。

Answer 1

我想详细说明rmf's answer .
关键问题是摆弄 cellwidth和 cellheight以及 width和 height .前者改变了一个单元格占用了多少像素，后者改变了输出图像的大小。因此，如果您的绘图剪辑超出了图像的边缘，您可以减小像元大小或增加图像大小。
请注意，这只影响输出文件，而不影响您在 R 运行时看到的 R 绘图区域。
例子:

library(pheatmap)
set.seed(1)
data <- as.data.frame(matrix(rnorm(600), ncol=20))
rownames(data) <- paste(rownames(data), "looooong text")

然后...

# Doesn't fit on image
pheatmap(data, filename = "/tmp/example_1.png",
         cellwidth = 20, cellheight = 20,
         width = 7, height=9.1)

# Change cell sizes, keep width/height fixed
pheatmap(data, filename = "/tmp/example_2.png",
         cellwidth = 10, cellheight = 10, # <--- changed here
         width = 7, height=9.1)

# Change width/height, keep cell sizes fixed
pheatmap(data, filename = "/tmp/example_3.png",
         cellwidth = 20, cellheight = 20,
         width = 9, height=10)   # <--- changed here