r - 如何用大数据集绘制树状图？

Question

我在 R 中使用具有树状图绘制功能的 ape(系统发育和进化分析)包。我使用以下命令读取 Newick 格式的数据，并使用 plot 函数绘制树状图:

library("ape")
gcPhylo <-read.tree(file = "gc.tree")
plot(gcPhylo, show.node.label = TRUE)

由于数据集非常大，不可能在树的较低级别看到任何细节。我只能看到黑色区域，但看不到细节。我只能从顶部看到几个级别，然后看不到细节。

我想知道 plot 函数是否有任何缩放功能。我尝试使用 xLim 和 yLim 来限制区域，但是，它们只是限制区域，而不是缩放以显示细节。缩放或在不缩放的情况下使细节可见将解决我的问题。

我也很高兴知道任何其他可以帮助我克服问题的包、函数或工具。

谢谢。

Answer 1

cut另一个答案中描述的功能是一个很好的解决方案；如果您想在一页上维护整个树以进行一些交互式调查，您还可以在 PDF 上绘制一个大页面。

生成的 PDF 是矢量化的，因此您可以使用您最喜欢的 PDF 查看器近距离放大而不会损失分辨率。

以下是如何将绘图输出定向为 PDF 的示例:

# Open a PDF for plotting; units are inches by default
pdf("/path/to/a/pdf/file.pdf", width=40, height=15)

# Do some plotting
plot(gcPhylo)

# Close the PDF file's associated graphics device (necessary to finalize the output)
dev.off()