r - 通过向量 R 中的维度名称对矩阵进行子集

Question

我有一个向量节点名作为

nodenames <- c("A","B","C","T","N","Z")

我有一个带有dimnames的方形稀疏矩阵

Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:4149962] 1 2 3 4 5 9 11 12 13 14 ...
  ..@ p       : int [1:3417] 0 1702 2710 3935 5411 6719 8141 9822 9822 11515 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 3416 3416
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:3416] "A" "B" "AAL" "T" ...
  .. ..$ : chr [1:3416] "A" "B" "AAL" "T" ...
  ..@ x       : num [1:4149962] 2 1 1 3 1 1 2 19 3 2 ...
  ..@ factors : list()

如何生成此矩阵的子集，并在节点名称中使用暗淡名称？

Answer 1

您可以根据索引号、维度名称(通过字符向量，例如您的 nodenames )、逻辑向量以及可能超出我的其他内容对矩阵进行子集化。

mat1[nodenames, nodenames]
  A  B  C  T  N  Z
A 12 22 42 62 72 82
B 13 23 43 63 73 83
C 15 25 45 65 75 85
T 17 27 47 67 77 87
N 18 28 48 68 78 88
Z 19 29 49 69 79 89

或者:

mat1[which(rownames(mat1)%in% nodenames), which(colnames(mat1) %in% nodenames)]
mat1[rownames(mat1)%in% nodenames, colnames(mat1) %in% nodenames]