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我正在处理床文件，我想对特定大小范围内的行进行子集化。我只对“chromEnd - chromStart”在 140-160 范围内的行感兴趣。
例如对于下面的床文件，我想对第二行和第五行( 10229-10082 = 147 和 65133-64976 = 157 )进行子集化:
chr1 10061 10229 A00327:118:HNV2VDMXX:1:1316:4779:23265 12 +
chr1 10082 10229 A00327:118:HNV2VDMXX:1:2488:28519:18662 30 +
chr1 49486 49880 A00327:118:HNV2VDMXX:1:2412:2564:16517 12 +
chr1 54472 54800 A00327:118:HNV2VDMXX:1:1304:1633:32095 30 +
chr1 64976 65133 A00327:118:HNV2VDMXX:1:1488:3739:12038 30 +
chr1 75240 75547 A00327:118:HNV2VDMXX:1:2370:12102:12524 30 +
chr1 106775 107146 A00327:118:HNV2VDMXX:1:1324:32696:22169 31 +
最佳答案
方法很多，但我真的很喜欢 awk:
awk '{ s=$3-$2 } s >= 140 && s <= 160 { print }' input.bed > output.bed
关于linux - 如何根据片段长度对床文件进行子集化？，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/62546399/
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