linux - 如何将 qsub 输出流定向到 pwd 而不是 home

Question

输入 qsub 命令后，输出流在我的主目录中运行时会更新。这给我带来了两个问题:

1) 我的/home/brian 文件夹很慢，甚至写了几个文本字符。具有大量输出文本的实用程序速度慢得令人沮丧。但是，我的作业文件在/tmp/brian 中，这个位置非常快，并且在计算节点本地。

2) 如果我在/tmp/brian 中运行 myscript.sh，我希望输出流在运行时在同一个文件夹中更新，这样我就可以检查结果而不必在与之前不同的文件夹中搜索工作。

我试过这个和 qsub 命令的几个排列:

cd /tmp/brian
set HOME=`pwd`
qsub -j oe -k oe -d `pwd` -w `pwd` -v "HOME=`pwd`,PBS_O_HOME=`pwd`" "./my_script.sh"

我可以设置 -e 和 -o 选项以在运行后将流放在/tmp/brian 中，但我无法在运行期间将其更新到/tmp 中，只能更新我的主文件夹。

如果我在 my_script.sh 中键入“env”命令，我会得到这些:

HOME=/home/brian
PWD=/tmp/brian
PBS_O_HOME=/tmp/brian
PBS_O_INITDIR=/tmp/brian
PBS_O_WORKDIR=/tmp/brian

尽管显式传递了 $HOME 环境变量，但它的设置不正确。也许某处有一个配置文件覆盖了我的设置？

Answer 1

使用-D定义作业使用的根目录