r - 如何在 R 中永久更改 .libPaths()？

Question

每当我使用 .libPaths() 更改库路径顺序时功能，如果我重新启动 R，它会恢复为默认值。如何永久更改它？我正在开发一个 Linux 计算集群(我没有管理员权限)，所以我想将我的本地库永久添加到 R 中。

每次启动 R 时我都必须这样做

.libPaths(c("/home/...","/home...","/local/library"))

Answer 1

为了完整起见，因为我无法在评论中显示这一点:

所有带有 R 包的 Debian 和 Ubuntu 系统的默认设置:
edd@max:~$ R -q -e 'print(.libPaths())'
R>打印(.libPaths())
[1] "/usr/local/lib/R/site-library""/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/库"
R>
R>

我们可以通过修改R_LIBS_SITE来改变:
edd@max:~$ R_LIBS_SITE="/usr/lib/R/Library"R -q -e 'print(.libPaths())'
R>打印(.libPaths())
[1] "/usr/lib/R/库"
R>
R>

但是修改R_LIBS不起作用:
edd@max:~$ R_LIBS="/usr/lib/R/Library"R -q -e 'print(.libPaths())'
R>打印(.libPaths())
[1] "/usr/local/lib/R/site-library""/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/库"
R>
R>
edd@max:~$

见 help(Startup)进行全面细致的治疗。在 Debian 和 Ubuntu 上，十多年来我们一直将这三个目录设置为默认目录。因为它是通过 R_LIBS_SITE 设置的在这里，这是您需要在此处更改的变量。通常，您需要覆盖保存该值的变量，并且您可能事先不知道是哪一个。
至于原始答案，在 Debian 和 Ubuntu 上，我们使用文件 /etc/R/Renviron .如 help(Startup)详细信息，您可以设置任意数量的方法来为您的启动永久更改它 - 所有这些点都适用于所有不同的操作系统:

修改系统文件如Renviron或 Renviron.site如果您有适当的权限

否则更改每个用户的文件 ~/.Renviron

或者，更改环境变量 R_LIBS或 R_LIBS_USER或 R_LIBS_SITE如果您有适当的权限，则在系统级别

否则更改变量 R_LIBS或 R_LIBS_USER或 R_LIBS_SITE在用户层面。

最后，调用.libPaths(...new path to be added here...)在您的 R 启动文件中，例如在 .Rprofile .

请看 help(Startup)进行更全面的讨论。