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python-2.7 - 如何在biopython中计算密码子使用偏差(RSCU)

转载作者：行者123 更新时间：2023-12-03 09:03:57

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我正在使用 CodonUsage 模块计算给定序列的 RSCU 值。在 CodonUsage ( here ) 的源代码中，RSCU 值在函数generate_index 内计算，该函数位于类 CodonAdaptionIndex 内(RSCU 在第 101 行计算)。如何访问generate_index？另外，我如何让我的脚本访问我的序列(到目前为止它们在 .txt 上采用 FASTA 格式)。

感谢您的阅读

最佳答案

对于 Python 3+，请尝试 CAI包，其中包括 RSCU可以处理替代遗传密码的函数:

from CAI import RSCU

RSCU("GATACAGTAGAC")

关于python-2.7 - 如何在biopython中计算密码子使用偏差(RSCU)，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/48554986/

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