r - 作为数据框的 Princomp 摘要

Question

我希望将 princomp PCA(必须是 princomp)的摘要作为数据框，以便我可以使用 kable 格式化表格以生成报告。

这是我尝试使用的代码，从中应该清楚我想要做什么；

kable( as.data.frame(summary(pca.data)) )

我收到此错误:

Error in as.data.frame.default(summary(pca.data)) : cannot coerce class ""summary.princomp"" to a data.frame

编辑:我希望 sum.data 的输出作为数据帧，以便我可以使用 kable 函数对其进行格式化。

library("knitr")
library("kableExtra")

set.seed(1)
data <- data.frame(
X = sample(1:10), X2 = sample(1:10), X3 = sample(1:10), X4 = sample(1:10), 
X5 = sample(1:10)
)

pca.data <- princomp(data, cor=TRUE)
sum.data <- summary(pca.data)
kable(as.data.frame(sum.data))

Answer 1

假设您正在尝试获取下表

Importance of components:
                          Comp.1    Comp.2    Comp.3     Comp.4     Comp.5
Standard deviation     1.4126051 1.1441266 0.9542661 0.63918520 0.61346533
Proportion of Variance 0.3990906 0.2618052 0.1821247 0.08171154 0.07526794
Cumulative Proportion  0.3990906 0.6608958 0.8430205 0.92473206 1.00000000

它实际上并未存储在任何地方，仅在运行 stats:::print.summary.princomp 函数时创建。您可以提取该函数中生成该表的部分。例如

pca_importance <- function(x) {
  vars <- x$sdev^2
  vars <- vars/sum(vars)
  rbind(`Standard deviation` = x$sdev, `Proportion of Variance` = vars, 
      `Cumulative Proportion` = cumsum(vars))
}

现在你有了一个 ktable 可以使用的对象

kable( pca_importance(sum.data) )