r - 如何将 bash 变量传递到 R 脚本中

Question

我有几个 R 脚本，用于处理特定输入文件夹中的数据。我需要在几个文件夹上运行此脚本，因此我开始编写一个 bash 脚本来循环这些文件夹并运行这些 R 脚本。

我对R一点也不熟悉(该脚本是由以前的工作人员编写的，对我来说基本上是一个黑匣子)，而且我对通过脚本传递变量缺乏经验，尤其是涉及多种语言。当我在这里调用 source("$SWS_output/Step_1_Setup.R") 时，还存在一个问题 - R 没有将我的 $SWS_output 读取为变量，而是读取为字符串。

这是我的 bash 脚本:

#!/bin/bash

# Inputs
workspace="`pwd`"
preprocessed="$workspace/6_preprocessed"

# Output
SWS_output="$workspace/7_SKSattempt4_results/"

# create output directory
mkdir -p $SWS_output

# Copy data from preprocessed to SWS_output
cp -a $preprocessed/* $SWS_output

# Loop through folders in the output and run the R code on each folder
for qdir in $SWS_output/*/; do
        qdir_name=`basename $qdir`
        echo -e 'source("$SWS_output/Step_1_Setup.R") \n source("$SWS_output/(Step_2_data.R") \n  q()' | R --no-save

done

我需要将变量“qdir”传递到第二个 R 脚本 (Step_2_data.R) 以告诉它要处理哪个文件夹。

谢谢!

Answer 1

我之前的回答不完整。这是解释命令行解析的更好的努力。

使用 R 的 commandArgs 函数来处理命令行参数非常容易。我写了一个小教程https://gitlab.crmda.ku.edu/crmda/hpcexample/tree/master/Ex51-R-ManySerialJobs 。在集群计算中，这对我们来说非常有效。整个 hpcexample 存储库是开源/免费的。

基本思想是在命令行中您可以使用命令行参数运行 R，如下所示:

R --vanilla -f r-clargs-3.R --args runI=13 parmsC="params.csv" xN=33.45

在本例中，我的 R 程序是一个文件 r-clargs-3.R，该文件将导入的参数是三个空格分隔的元素 runI， parmsC，xN。您可以根据需要添加任意数量的空格分隔参数。这些名称完全由您自行决定，但要求它们之间用空格分隔，并且等号周围没有空格。字符串变量应该用引号引起来。

我的习惯是用后缀“I”来命名参数，以暗示它是整数，“C”表示字符，“N”表示 float 。

在文件 r-clargs-3.R 中，包含一些代码来读取参数并对它们进行排序。例如，我的教程的示例

cli <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 
args <- strsplit(cli, "=", fixed = TRUE)

剩下的工作是对参数进行排序，这是我对参数进行排序的最进化的节(因为它查找后缀“I”、“N”、“C”和“L”(用于逻辑) ))，然后将输入强制转换为正确的变量类型(所有输入变量都是字符，除非我们使用 as.integer() 等强制转换):

for (e in args) {
    argname <- e[1]
    if (! is.na(e[2])) {
        argval <- e[2]
        ## regular expression to delete initial \" and trailing \"
        argval <- gsub("(^\\\"|\\\"$)", "", argval)
    }
    else {
        # If arg specified without value, assume it is bool type and TRUE
        argval <- TRUE
    }

    # Infer type from last character of argname, cast val
    type <- substring(argname, nchar(argname), nchar(argname))
    if (type == "I") {
        argval <- as.integer(argval)
    }
    if (type == "N") {
        argval <- as.numeric(argval)
    }
    if (type == "L") {
        argval <- as.logical(argval)
    }
    assign(argname, argval)
    cat("Assigned", argname, "=", argval, "\n")
}

这将在 R session 中创建名为 paramsC、runI 和 xN 的变量。

这种方法的便利之处在于，相同的基本 R 代码可以使用数百或数千个命令参数变化来运行。适合蒙特卡洛模拟等。