jupyter-notebook - 未找到线路魔术函数 `%%R`

Question

我正在使用 Mac OS Catalina、PyCharm 和 Jupyter 笔记本。我正在尝试从 python 代码传递带有 %%R 的变量

import rpy2.rinterface

%load_ext rpy2.ipython

print(rpy2.__version__)
v=2

%%R -i v
print(v)

我收到此错误:

UsageError: Line magic function `%%R` not found.

Python 3.7.5rpy2 3.2.2R 3.5.1导致此错误的原因是什么以及如何修复它？

Answer 1

%%R 是单元魔法，而不是线条魔法。您需要将其放入新单元格中。在 PyCharm 中，单元格是使用 #%% 注释标记创建的。 PyCharm环境下正确的使用是:

#%%

%load_ext rpy2.ipython
v = 2

#%%

%%R -i v
print(v)

单元格魔法以两个百分号 (%%cell_magic_name) 开头，线条魔法以一个百分号 (%line_magic_name) 开头。您的错误消息表明您尝试在与单元格开头不同的位置使用单元格魔术 - 并且您的代码片段没有(PyCharm 特定的)单元格分隔符来确认情况确实如此。

rpy2 提供了(同名的)单元格和行 R 魔法(唯一的区别是 % 符号的数量)，但是单元格魔法必须放置在单元格的最开始处 - 其中的代码该单元格将被解释​​为 R。